Basic Information

Symbol
HNRNPC
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C HNRPC Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein C (C1/C2) Heterogeneous Nuclear Ribonucleoproteins C1/C2 HnRNP C1/C2 Nuclear Ribonucleoprotein Particle C1 Protein Nuclear Ribonucleoprotein Particle C2 Protein HNRNP MRD74 SNRPC C1 C2
Location (GRCh38)
14:21207375-21269792
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004500.4
Sequence length
3165.0 nt
GC content
0.4019

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-857.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -919.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 924.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001077442.2 NCBI
AGAGGAGACUCGGGGGCCAUUUUGUGAAGAGACGAAGACUGAGCGGUUG… 3178 nt 0.4043
NM_001077443.2 NCBI
AGAGGAGACUCGGGGGCCAUUUUGUGAAGAGACGAAGACUGAGCGGUUG… 3139 nt 0.4027
NM_004500.4 NCBI
AGAGGAGACUCGGGGGCCAUUUUGUGAAGAGACGAAGACUGAGCGGUUG… 3165 nt 0.4019
NM_031314.3 NCBI
AGAGGAGACUCGGGGGCCAUUUUGUGAAGAGACGAAGACUGAGCGGUUG… 3204 nt 0.4036
Summary

This gene belongs to the subfamily of ubiquitously expressed heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs). The hnRNPs are RNA binding proteins and they complex with heterogeneous nuclear RNA (hnRNA). These proteins are associated with pre-mRNAs in the nucleus and appear to influence pre-mRNA processing and other aspects of mRNA metabolism and transport. While all of the hnRNPs are present in the nucleus, some seem to shuttle between the nucleus and the cytoplasm. The hnRNP proteins have distinct nucleic acid binding properties. The protein encoded by this gene can act as a tetramer and is involved in the assembly of 40S hnRNP particles. Multiple transcript variants encoding at least two different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HNRNPC exhibited higher expression across all cell types in the ARDS microenvironment and its higher expression was associated with a lower overall survival rate in sepsis patients [Zhang et al. DOI:10.1186/s41065-025-00480-x]. In human skin, the HNRNPC was identified as a significantly downregulated m6A regulator following severe burn injury, a finding validated by qRT-PCR [Ran et al. DOI:10.3390/jpm13010150]. A study in mice demonstrated that the HNRNPC mRNA was down-regulated (0.17-fold) in bone marrow cells 6 hours after a whole-body 6.5 Gy ionizing radiation exposure [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].