Basic Information

Symbol
HNRNPH1
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein H1 Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein H HnRNPH HNRPH1 Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein H1 (H) HNRPH Epididymis Secretory Sperm Binding Protein HnRNP H NEDCDS
Location (GRCh38)
5:179614170-179634784
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001257293.2
Sequence length
2240.0 nt
GC content
0.4308

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-649.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -695.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((.(((((.......))))).)))))))))(((.(((((((((((.((((.((((((.((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((......)))..)).)))..))))..)))).)..))))))..(((.((((((....)))))).)))((((.(....((((.(((((.((.......))..)))))...))))...).))))....(((((..(((((....((.((.(((((((((..(((((.((.((((((((((.............((..((((((((((.(((((((.((........(((.((..((((.((((.(((.((((((..(((((((((.(((..((....))...))).)))))))))..)))))))))))))..))))))))).)).)))))))..))))))))).)..)))))))).))))))))))).)))(((((........))))).....)))))).))))..))))).))))).((((......))))..)).))))))..)))).)))).(((((((((...)))))))))(((((((((((.........(((......((((((((((....(((.......................)))...))))).))))).....)))))))))..))))).......))))))).)))((((((((((((.(((((.(.(((((((.........)))))))((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((.((((((((((..(((((((....)))))))..)))))).........((((((((....))))))))..((((((((((((((..(((((((((.(..........).)))))))))..))))))))).)))))....(((.((((....)))).)))...((.((.((((((..(((((((.(.(((((((...........((((...((((((................))))))..))))..))))))).).))))))).........)))))).)))).((((..((.(((((((....((((.((((...(((((((....((((.((((.(((.((((....)))).)))..................(((((((.((.....)).)))))))((....))(((((....))))).............(((((((.((.....)).)))))))((....))..((.(((((((((.(.((((((...........(((.((((((.((...)).))))))))).......((((..((((.....))))..)))))))))).))))).))))).)).)))).)))).))))))))))).))))...))))))).))...))))(((((.(((......))))))))...((((.(((((((..((((((.(((..(((.((((....)))).)))(((((.....((((((((...(.(((......))).)....)))))))))))))...(((.(((.((........)).))).)))))).))))))..)))))))..))))............)))).))))))).)))..(((((.(((((((((((((((.((..((((..((.((((((..(((((...)))))..)))))).))))))..)).)))...........(((((....)))))..((((((.((....((...))....)).))))))......)))))))))))).)))))))))))))))))))))).)))))((......))..((((...(((((((((((.(......).))))).))))))...))))))))))))))).)))...((.((((.(((.......))))))).))((((((((((((((.((.((....)).)).)))))))).))))))..((((((..(((((((...((((((....)))))).....))))))))))))).)))))).))).)))))))))............((((((((.....((((...((((((.(((((((((.(((....(((((((.((((((((.((((.....)))).)))))))).......)))))))..))))))))))).((((..((((((((...))).))))).))))..).))))))...))))...)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(((.(((((.(((((.......))))).))))))))}..((((({(((((((,{{,({(((((((((((((((..(.((((..((((...(((.((....(((.....,)))..)).)))..))))..)))).)..))))))...,..,,(((,((((((|(((((||(((.({((.,((((.(((((,((......,))..)))))...}))}...,.})}}|...{{{....,{{{{.{{{...,,,}}}}}))))))))},}.)))))).))}.}))))))))...,,{....}||(((((((.((((((({({........{{{.(,.{((((.((((.(((.((((((..(((((((((.{((..{,....}}...))}.)))))))))..)))))))))))))..)))))}))}.,,.)))))))..)))))))))..,))...)))))))}((((..({{{,.(((((........))))),.}}))}}},.)))),{((({.((,{(((.((((......))))..,)))})).)))))|((((((((((((((((...))))))))).(((((((({,{{(,,,,,,{(({....}||((({,,,,.....,,({{{{{,,{{{{{(,{,{,{.{{{{{...|||,,.,||{|,{|,,|||||.,{|{|||,{{{,.,,,,,(((((((...,{((({,((((((({{{{(,((((({(({{,.,...,|,}||||,(((({{,..{{{|,,,.||||.{{|,|||}}}|,}|||||{{{.,{{{,,}..|||||||||||.|||||||{{{|,{,|,||||||,||.....,.((((((((....))))))))|.((((((((((((((..(((((((((.{..........}.)))))))))..))))))))).))))).}....}}.}}}})))))})})))}}}||,|{,((({{{.}|||{{{{.|,|||{{{{.,..,,,,.,,||||.,,{({({{,{,..........,,.)}}}||,,|||}..}|||||}.|,||||}||,,,...,,{}|||||.||,|{,{{{..||.|||||||,||}{{{{.{{|{||.,{||||{....||((.((((,(((.((((....)))).))).....|,,..........(((((((.((.....)).))))))),|}}}},)||,||}|},}))}}.............(((((((.((.....)).)))))))||,,}.}}.}))}})},||||(((,{({{((,.....||}..|,|}||||||,||,..})}))))),|||.{{,.{,(((.{{((((.....)))).)),)))}),.),..))),)))}).))})))).))),.)}))})))))).}}}},,||||||||.(((....))).,{({{{...}}}}}..,,,||,..((((.((((((({{((((((.(,{{.,(({((({..}})))).,}}(({{(,,...((((((((...{,{{{......}}}.}},..)))))))),}}}}.,,||||{{(.((,,.,,...,}.,}),}))))}.)))))).))))))))..)))).......,,,,,,||,,,||||,..})))}}}|}}}}}}},.,|,|||}}||||||{,,{||}||||..,||,||}|{{.(((({.((((((((.(((....(((((((.(((((((((((.(((((...{((((({({{{((({{{|,,,.{((((((..((((((((..(((((((({...,{{{,{(({....}}}}..,,.}}}})))))))))....))))),}))....(((((.,,,,((({{{.(({,||||,..,.,)),|,||})||..}}}))})))))........)))))))}}}}}}|{(((((....)))))||{{{(({..,.{{||,.,}.,,.}}}}||||{(((((((({((((,,{(((((((...((((((....)))))).....)))))))))))))....)),,))))),..,||....}}|||,,(((((((({......,))))))))...|||{{,{(({((({{.,,,..|}.,.},)))})))))))}}))))))))}.))).))))))))......))})))))...))).)))))))).}))))))}}}}}})},.,,}}}}}))))),........)))))))}......))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001395195.1 NCBI
CUCGAAUGCAGCGUCUACGCCUGGUGAAUGGACGCACUCUUACCAAUUC… 2416 nt 0.4611
NM_005520.3 NCBI
CAUUUCGUCUUAGCCACGCAGAAGUCGCGUGUCUAGUUUGUUUCGACGC… 2199 nt 0.4266
Showing 51 to 52 of 52 entries
Summary

This gene encodes a member of a subfamily of ubiquitously expressed heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNPs). The hnRNPs are RNA binding proteins that complex with heterogeneous nuclear RNA. These proteins are associated with pre-mRNAs in the nucleus and appear to influence pre-mRNA processing and other aspects of mRNA metabolism and transport. While all of the hnRNPs are present in the nucleus, some may shuttle between the nucleus and the cytoplasm. The hnRNP proteins have distinct nucleic acid binding properties. The protein encoded by this gene has three repeats of quasi-RRM domains that bind to RNA and is very similar to the family member HNRPF. This gene may be associated with hereditary lymphedema type I. Alternatively spliced transcript variants have been described [provided by RefSeq, Mar 2012] CIViC Summary for HNRNPH1 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the HNRNPH1 was identified as a housekeeping gene in the immune and related functions class and was differentially expressed between a specific male monozygotic twin pair, belonging to the least variable category of gene expression variation [Sharma et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00228.2003].