Basic Information

Symbol
HNRNPK
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein K TUNP HNRPK CSBP Transformation Upregulated Nuclear Protein Transformation Up-Regulated Nuclear Protein DC-Stretch Binding Protein HnRNP K AUKS
Location (GRCh38)
9:83966766-83981586
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031263.4
Sequence length
2889.0 nt
GC content
0.4157

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-813.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -876.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 773.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318186.2 NCBI
GUUUUCUGUCUAGCUCCGACCGGCUGAGGCGGCGCGGCAGCGGAGGGAC… 2757 nt 0.4146
NM_001318187.2 NCBI
GUUUUCUGUCUAGCUCCGACCGGCUGAGGCGGCGCGGCAGCGGAGGGAC… 2817 nt 0.4121
NM_001318188.2 NCBI
GUUUUCUGUCUAGCUCCGACCGGCUGAGGCGGCGCGGCAGCGGAGGGAC… 2829 nt 0.4182
NM_002140.5 NCBI
GAGAAAGGAGGAGGGCGCUCCAGGCGACAGCACUGCAGACGCCAUUAUC… 2939 nt 0.4161
NM_031262.4 NCBI
GAGAAAGGAGGAGGGCGCUCCAGGCGACAGCACUGCAGACGCCAUUAUC… 2879 nt 0.4185
NM_031263.4 NCBI
GUUUUCUGUCUAGCUCCGACCGGCUGAGGCGGCGCGGCAGCGGAGGGAC… 2889 nt 0.4157
Summary

This gene belongs to the subfamily of ubiquitously expressed heterogeneous nuclear ribonucleo protein s (hnRNPs). The hnRNPs are RNA binding protein s and they complex with heterogeneous nuclear RNA (hnRNA). These protein s are associated with pre-mRNAs in the nucleus and appear to influence pre-mRNA processing and other aspects of mRNA metabolism and transport. While all of the hnRNPs are present in the nucleus, some seem to shuttle between the nucleus and the cytoplasm. The hnRNP protein s have distinct nucleic acid binding properties. The protein encoded by this gene is located in the nucleoplasm and has three repeats of KH domains that binds to RNAs. It is distinct among other hnRNP protein s in its binding preference; it binds tenaciously to poly(C). This protein is also thought to have a role during cell cycle progession. Several alternatively spliced transcript variants have been described for this gene, however, not all of them are fully characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human blood samples demonstrated that the HNRNPK was incorporated as one of nine reference genes in the initial primer design for a targeted massively parallel sequencing assay aimed at forensic age estimation due to its stable expression in blood [Hänggi et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2025.103282].