Basic Information

Symbol
HNRNPU
RNA class
mRNA
Alias
Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein U SAF-A HNRPU Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein U (Scaffold Attachment Factor A) Nuclear P120 Ribonucleoprotein HNRNPU Antisense RNA 1 HNRNPU-AS1 FLJ37978 FLJ30202 GRIP120 HnRNP U U21.1 Pp120 SAFA HNRNPU Antisense RNA 1 (Non-Protein Coding) Chromosome 1 Open Reading Frame 199 Scaffold Attachment Factor A Scaffold-Attachment Factor A Non-Protein Coding RNA 201 P120 Nuclear Protein NCRNA00201 C1ORF199 C1orf199 EIEE54 DEE54 P120
Location (GRCh38)
1:244840638-244864560
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031844.3
Sequence length
6867.0 nt
GC content
0.4181

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1930.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2070.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1875.58
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004501.3 NCBI
CUCGCGCCAGGCGAGUCUCCGCGUCUCCCUCGCGAACUCGGUGAAAGGA… 6789 nt 0.4145
NM_031844.3 NCBI
GAGGACGUUGCGUGCUCGCUCGCGCCAGGCGAGUCUCCGCGUCUCCCUC… 6867 nt 0.4181
Summary

This gene encodes a member of a family of proteins that bind nucleic acids and function in the formation of ribonucleoprotein complexes in the nucleus with heterogeneous nuclear RNA (hnRNA). The encoded protein has affinity for both RNA and DNA, and binds scaffold-attached region (SAR) DNA. Mutations in this gene have been associated with epileptic encephalopathy, early infantile, 54. A pseudogene of this gene has been identified on chromosome 14. [provided by RefSeq, Jun 2017] CIViC Summary for HNRNPU Gene

Forensic Context

A study in human keratinocytes and mouse skin demonstrated that X-ray irradiation (5 Gy) significantly downregulated the HNRNPU gene expression (0.58-fold) 3 hours post-exposure, as part of a broader pattern where 59 genes were downregulated [Koike et al. DOI:10.1269/jrr.46.173].