Basic Information

Symbol
HOMER2
RNA class
mRNA
Alias
Homer Scaffold Protein 2 Cupidin HOMER-2 Vesl-2 DFNA68 CPD Homer Scaffolding Protein 2 Homer Protein Homolog 2 HOMER-2B HOMER-2A Homer, Neuronal Immediate Early Gene, 2 Homer Homolog 2 (Drosophila) Homer Homolog 2 Homer Homolog 3 Homer-2 ACPD
Location (GRCh38)
15:82834664-82986153
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004839.4
Sequence length
1949.0 nt
GC content
0.5336

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-684.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -717.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 429.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004839.4 NCBI
GCGCCUGGCGGCGGUGGCGGCAGUGGCAGCAGUGGCAGCCGCGCAGCCC… 1949 nt 0.5336
NM_199330.3 NCBI
GCGCCUGGCGGCGGUGGCGGCAGUGGCAGCAGUGGCAGCCGCGCAGCCC… 1982 nt 0.5333
Summary

This gene encodes a member of the homer family of dendritic proteins. Members of this family regulate group 1 metabotrophic glutamate receptor function. The encoded protein is a postsynaptic density scaffolding protein. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Two related pseudogenes have been identified on chromosome 14. [provided by RefSeq, Jun 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HOMER2 is a prefrontal cortex differential wiring gene enriched in synapse part annotation [Hitzemann et al. DOI:10.3390/brainsci9070155].