Basic Information

Symbol
AMOTL1
RNA class
mRNA
Alias
Angiomotin Like 1 JEAP Junction-Enriched And Associated Protein Angiomotin-Like Protein 1 CFCHS
Location (GRCh38)
11:94706431-94876748
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130847.3
Sequence length
8980.0 nt
GC content
0.4884

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3004.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3159.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2485.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001301007.2 NCBI
AGCGCGCGAGAAGCUCUAGGACCCAGCAGCGGUUGUCGGGUUUGGGGCU… 8830 nt 0.4882
NM_130847.3 NCBI
AGCGCGCGAGAAGCUCUAGGACCCAGCAGCGGUUGUCGGGUUUGGGGCU… 8980 nt 0.4884
Summary

The protein encoded by this gene is a peripheral membrane protein that is a component of tight junctions or TJs. TJs form an apical junctional structure and act to control paracellular permeability and maintain cell polarity. This protein is related to angiomotin, an angiostatin binding protein that regulates endothelial cell migration and capillary formation. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

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