Basic Information

Symbol
HOOK2
RNA class
mRNA
Alias
Hook Microtubule Tethering Protein 2 HK2 Protein Hook Homolog 2 H-Hook2 HHK2 Hook Homolog 2 (Drosophila) Hook Homolog 2
Location (GRCh38)
19:12762640-12872740
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013312.3
Sequence length
2542.0 nt
GC content
0.6133

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1119.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1158.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 586.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001100176.2 NCBI
AGGCCGAGCGGGAGGUCGGGGCUGCGGGCGCUCGCUGGUGGCGGACCCG… 2536 nt 0.6136
NM_001400041.1 NCBI
AGGCCGAGCGGGAGGUCGGGGCUGCGGGCGCUCGCUGGUGGCGGACCCG… 2644 nt 0.6116
NM_001400043.1 NCBI
CGCAGAGGCUGGGGAGUAGCUGCUGAGUUACAGACGUUCCACGUUCCGU… 2449 nt 0.6068
NM_001400044.1 NCBI
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGA… 2477 nt 0.6096
NM_001400045.1 NCBI
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGA… 2511 nt 0.6081
NM_001400046.1 NCBI
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGA… 2522 nt 0.6102
NM_001400047.1 NCBI
AUCCUCUCCACCCGCUCCCAGGGGCUGGAGUCUGGAAAACCACGCGGGA… 2556 nt 0.6088
NM_001400048.1 NCBI
AGGCCGAGCGGGAGGUCGGGGCUGCGGGCGCUCGCUGGUGGCGGACCCG… 2570 nt 0.6121
NM_013312.3 NCBI
AGGCCGAGCGGGAGGUCGGGGCUGCGGGCGCUCGCUGGUGGCGGACCCG… 2542 nt 0.6133
Summary

Hook proteins are cytosolic coiled-coil proteins that contain conserved N-terminal domains, which attach to microtubules, and more divergent C-terminal domains, which mediate binding to organelles. The Drosophila Hook protein is a component of the endocytic compartment.[supplied by OMIM, Apr 2004]

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that the HOOK2 gene was uniquely upregulated in the biceps femoris and longissimus dorsi muscle of cold-exposed Bama pigs, indicating a shift to glucose utilization as a primary fuel source in this cold-sensitive breed [Yang et al. DOI:10.3390/ijms24087431].