Basic Information

Symbol
HOXA1
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox A1 HOX1F Homeobox Protein Hox-A1 Homeobox Protein Hox-1F Homeo Box A1 HOX1 HOX A1 Homeodomain Protein Hox 1.6-Like Protein Lab-Like Protein Homeobox 1F BSAS
Location (GRCh38)
7:27092993-27096000
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005522.5
Sequence length
2543.0 nt
GC content
0.4750

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-754.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -802.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 600.70
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005522.5 NCBI
AUCAUUUUUCUUCUCCGGCCCCAUGGAGGAAGUGAGAAAGUUGGCACAG… 2543 nt 0.4750
NM_153620.3 NCBI
AUCAUUUUUCUUCUCCGGCCCCAUGGAGGAAGUGAGAAAGUUGGCACAG… 2340 nt 0.4658
Summary

In vertebrates, the genes encoding the class of transcription factors called homeobox genes are found in clusters named A, B, C, and D on four separate chromosomes. Expression of these proteins is spatially and temporally regulated during embryonic development. This gene is part of the A cluster on chromosome 7 and encodes a DNA-binding transcription factor which may regulate gene expression, morphogenesis, and differentiation. The encoded protein may be involved in the placement of hindbrain segments in the proper location along the anterior-posterior axis during development. Two transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene, with only one of the isoforms containing the homeodomain region. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HOXA1 is a long noncoding RNA located in the 3' end of the HoxA cluster, where it partners with PURB to exert transcriptional silencing of HOXA1 in a switch-like manner at the single-cell level [Flynn and Chang DOI:10.1016/j.stem.2014.05.014].