Basic Information
Symbol
HOXA2
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox A2
HOX1K
Homeobox Protein Hox-A2
Homeobox Protein Hox-1K
Homeo Box A2
MCOHI
Location (GRCh38)
7:27100354-27102686
Forensic tag(s)
-
MANE select
Transcript ID
NM_006735.4
Sequence length
1686.0 nt
GC content
0.4941
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-509.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-540.17 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
284.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUUUAAUAGUAGCGCGGUCCCCAUACGGCUGUAAUCAGUGAAUUAGAA… | 1686 nt | 0.4941 |
Summary
In vertebrates, the genes encoding the class of transcription factors called homeobox genes are found in clusters named A, B, C, and D on four separate chromosomes. Expression of these proteins is spatially and temporally regulated during embryonic development. This gene is part of the A cluster on chromosome 7 and encodes a DNA-binding transcription factor which may regulate gene expression, morphogenesis, and differentiation. The encoded protein may be involved in the placement of hindbrain segments in the proper location along the anterior-posterior axis during development. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No relevant information is available at the moment.