Basic Information

Symbol
HOXA3
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox A3 HOX1E Homeobox Protein Hox-A3 Homeobox Protein Hox-1E Homeo Box A3 HOX1 Hox-1.5-Like Protein Homeo Box 1E
Location (GRCh38)
7:27106184-27152610
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_153631.3
Sequence length
3026.0 nt
GC content
0.5512

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1052.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1108.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 862.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001384335.1 NCBI
GCAUUCUUUUGCUCCGCUCCGUCCUGCCUGCUUCGGAGCUCUGCCUUCC… 3142 nt 0.5560
NM_001384336.1 NCBI
AGCUGCAGCCCGCCUCUUGCAGCCUGGCGCGACUGCUGUACUGGCCCCU… 3188 nt 0.5665
NM_001384337.1 NCBI
ACCACAUAACAUAUAAUCUCACUAACGCUGGACUCCAUUUGACUCUUUU… 3071 nt 0.5444
NM_001384338.1 NCBI
ACCACAUAACAUAUAAUCUCACUAACGCUGGACUCCAUUUGACUCUUUU… 2598 nt 0.5462
NM_001384339.1 NCBI
ACCACAUAACAUAUAAUCUCACUAACGCUGGACUCCAUUUGACUCUUUU… 2899 nt 0.5433
NM_001384340.1 NCBI
ACCACAUAACAUAUAAUCUCACUAACGCUGGACUCCAUUUGACUCUUUU… 2783 nt 0.5375
NM_001384341.1 NCBI
GUGGUGCCUGAGGAGAGAGCUCUCUGAAAGCAGCCCACACCACCAGCAA… 2696 nt 0.5456
NM_001384342.1 NCBI
GUGGUGCCUGAGGAGAGAGCUCUCUGAAAGCAGCCCACACCACCAGCAA… 2599 nt 0.5502
NM_001384343.1 NCBI
AGACAAAGAGCCUACCCCAAAACCAGCGAUGGGCAGGAGAAGCGGUUGC… 2581 nt 0.5560
NM_001384344.1 NCBI
ACUCCCGGCCUCCAACUCCCUUCCCUCGCAGCCGCCAUUCACCUUCUGC… 2507 nt 0.5533
Showing 1 to 10 of 14 entries
Summary

In vertebrates, the genes encoding the class of transcription factors called homeobox genes are found in clusters named A, B, C, and D on four separate chromosomes. Expression of these proteins is spatially and temporally regulated during embryonic development. This gene is part of the A cluster on chromosome 7 and encodes a DNA-binding transcription factor which may regulate gene expression, morphogenesis, and differentiation. Three transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human menstrual blood-derived stem cells (MenSCs) identified the HOXA3 as a differentially-expressed gene that was down-regulated with increasing passage number in vitro [Chen et al. DOI:PMC4713568].