Basic Information

Symbol
HOXA3
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox A3 HOX1E Homeobox Protein Hox-A3 Homeobox Protein Hox-1E Homeo Box A3 HOX1 Hox-1.5-Like Protein Homeo Box 1E
Location (GRCh38)
7:27106184-27152610
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_153631.3
Sequence length
3026.0 nt
GC content
0.5512

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1052.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1108.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 862.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001384345.1 NCBI
AGACAGGCUUCGCCUGUGAUUACGUUUUCUAGAUUCUCUACAGAGCCAG… 2568 nt 0.5533
NM_001384346.1 NCBI
AGUCGGCCCUGGGCGAGCCGUGCUGGAGCAGCGAGGCGGCCACGCUCUG… 2575 nt 0.5713
NM_030661.5 NCBI
UCUCACUAGCCUCAGAGCACUCUCAGAAGUUCAGAAACUAAGACCAGAA… 2437 nt 0.5499
NM_153631.3 NCBI
GCAUUCUUUUGCUCCGCUCCGUCCUGCCUGCUUCGGAGCUCUGCCUUCC… 3026 nt 0.5512
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary

In vertebrates, the genes encoding the class of transcription factors called homeobox genes are found in clusters named A, B, C, and D on four separate chromosomes. Expression of these proteins is spatially and temporally regulated during embryonic development. This gene is part of the A cluster on chromosome 7 and encodes a DNA-binding transcription factor which may regulate gene expression, morphogenesis, and differentiation. Three transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human menstrual blood-derived stem cells (MenSCs) identified the HOXA3 as a differentially-expressed gene that was down-regulated with increasing passage number in vitro [Chen et al. DOI:PMC4713568].