Basic Information
Symbol
HOXB5
RNA class
mRNA
Alias
Homeobox B5
HOX2A
Homeobox Protein HHO.C10
Homeobox Protein Hox-B5
Homeobox Protein Hox-2A
Homeobox Protein Hu-1
Homeo Box B5
HOX2
Homeo Box 2A
HHO.C10
Hox2.1
HU-1
Location (GRCh38)
17:48591257-48593779
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_002147.4
Sequence length
1859.0 nt
GC content
0.5508
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-639.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-672.09 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
514.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| ACAGUGCAUCGCUAUAAUUCAUUAAUACAUCAUAAAUCGUGAAGCACAG… | 1859 nt | 0.5508 |
Summary
This gene is a member of the Antp homeobox family and encodes a nuclear protein with a homeobox DNA-binding domain. It is included in a cluster of homeobox B genes located on chromosome 17. The encoded protein functions as a sequence-specific transcription factor that is involved in lung and gut development. Increased expression of this gene is associated with a distinct biologic subset of acute myeloid leukemia (AML) and the occurrence of bronchopulmonary sequestration (BPS) and congenital cystic adenomatoid malformation (CCAM) tissue. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in rats demonstrated that the HOXB5 gene was core-enriched in upregulated developmental gene sets and was significantly upregulated in fetal cardiac fibroblasts compared to neonatal cardiac fibroblasts [Perreault et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00074.2021].