Basic Information

Symbol
HPCA
RNA class
mRNA
Alias
Hippocalcin Neuron-Specific Calcium-Binding Protein Hippocalcin Dystonia 2, Torsion (Autosomal Recessive) Calcium-Binding Protein BDR-2 BDR2 DYT2
Location (GRCh38)
1:32881498-32898441
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002143.3
Sequence length
1412.0 nt
GC content
0.5942

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-543.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -568.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 251.52
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(.(((.....))))(.(((((((((((((((((((....))))..((((..((((.........)))).))))((((((((.((....((((..((((((.....)))))).((((((((.(((((((((.((...(((((((((((((((((((...(((((.((....))..)))))...)))))((((((...........)))))).......(((((.(((((((...((.(((((...((((......((.(((.(.......)))).))......)))).))))).)).(((((((...((((((((((....)))))((((..(..((((....))))..)..)))).)))))))).))))..)))).)))...((((.....))))((((((...((((((.(.(((((((((((((((...))))))).(((((...)))))(((((((((.(((((.((((.(((((.......(((..((.....)).))).....((((((.(...(((.(((((....))))).)))...).))))))...))))).......)))).))))).))).)))))).))))...)))).)))))))...))))))......(((.((((..(((....)))..)))))))...)))))(((((((..((((......((...(((......))).))...))))..)))))))...))))))))))))))...)).(((.(((((((.(((((((((((.(((...(((...((((.((....)))))).....((......))(((....))))))...)))..)))))...............((.(((((.(((((((......).)))))).....))))).))....(((....))).........))))))..))))))).))).))))))))).)).))))))((((((((((((((.........(((((((((..........((((((((.....((((...((.((((((.((((.(((.....((((...))))...)))...)))))))))))).))))(((((((....)))).)))(((...)))...)))))))).......((((((.....))))))..(((...((((((((((......)))...((((.........((((((.((..(.((((((.(((.((((........((...((((((......))))))...)).....))))..))).)))))).)..)).))))))...........))))....))))).))..))))))))))))...))))))))........))))))..)))).....)).))))))))((((((.............)))))))))))))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.(((.....)))){.(((((((((((((((((((....)))),.((((..((((.........)))).))))((((((((.((,,..((((,.((((((.....)))))).{(((((((.(((((((((.((...(((((((((((((((((((...(((((.({....))..)))))...))))){(((((...........))))))...,,,,((((,.(({{(((.{.,({({(({...{{{|,,.|},,,.{{|.,.......}})},))},}},,))}}.|||||{,|.{{{((((.,.((((((((((....)))))((((..(..((((....))))..)..)))).))))),}).))))},)))).))}...((((.....))))((((((.,.((((((.(.(((((((((((((({...})))))).(((((...)))))(((((((((.(((((.((((.(((((,....,.(({.,{(,....})}}|{.{|..,{((((.{...(({.(((((....))))).)))..,),))))))},,))))}.......)))).))))).))).)))))).))))...)))),})))))).,.))))))......(((.((((..(((....)))..)))))))...})}}}(((((((..((((.....,{{...(((......))).),...))))..)))))))...))))))))))))))...)},(((.(((((((.(((((((((((.(({...(((...((((.((....)))))).....((......))(({....}))}))}..}}),.)))))...............((.(((((.(((((({,.....).)))))).....))))).))....(((....))).........))))))..))))))).))).})))))))).)).)))))|((((((((((((((.....,...(((((((((.......,,{((((((((....,((((..,{{,((((((.(({(.,((.,...(.(({{,,,,,,}}))...,)))))))))))),)))}(((((((....)))),,))(((...}})...)))))))}},,,...((((((.....))))))..{{{...((((((({((......))).|{(,.......,,,.((((((.((..(.((((((.(((.((((........,,...((((((......))))))...}}.....))))..))).)))))).)..)).))))))...,.{{{...}))...,.))))).))..})}))))))))),,})))))))).......,)))))),,)))),,...)).))))))))((((((.............))))))})))))))}}})))))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002143.3 NCBI
GCAGUCGGUGUCUCCGCGUCGCUGGGUGGGACUUGGCUCGGCGGCCAUG… 1412 nt 0.5942
Summary

The protein encoded by this gene is a member of neuron-specific calcium-binding proteins family found in the retina and brain. This protein is associated with the plasma membrane. It has similarities to proteins located in the photoreceptor cells that regulate photosignal transduction in a calcium-sensitive manner. This protein displays recoverin activity and a calcium-dependent inhibition of rhodopsin kinase. It is identical to the rat and mouse hippocalcin proteins and thought to play an important role in neurons of the central nervous system in a number of species. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HPCA was notably upregulated in excitatory neurons in post-mortem brain samples stored for 24 to 54 hours at 25°C, where it is involved in neuronal function [Guo et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147708].