Basic Information

Symbol
HPCAL4
RNA class
mRNA
Alias
Hippocalcin Like 4 HLP4 Hippocalcin-Like Protein 4 DKFZp761G122
Location (GRCh38)
1:39678648-39691485
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016257.4
Sequence length
4600.0 nt
GC content
0.4933

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1620.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1704.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1023.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282396.2 NCBI
GAUACAAGAGCUGGAAGGCGGCUCCGGCGCAGACCUUGGAGAGCACAGC… 4706 nt 0.4970
NM_001282397.2 NCBI
GAUACAAGAGCUGGAAGGCGGCUCCGGCGCAGACCUUGGAGAGCACAGC… 4384 nt 0.4865
NM_016257.4 NCBI
GAUACAAGAGCUGGAAGGCGGCUCCGGCGCAGACCUUGGAGAGCACAGC… 4600 nt 0.4933
Summary

The protein encoded by this gene is highly similar to human hippocalcin protein and hippocalcin like-1 protein. It also has similarity to rat neural visinin-like Ca2+-binding protein-type 1 and 2 proteins. This encoded protein may be involved in the calcium-dependent regulation of rhodopsin phosphorylation. The transcript of this gene has multiple polyadenylation sites. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2013]

Forensic Context

A study in humans developed a targeted RNA sequencing protocol to predict the time-of-day of bloodstain deposition using 69 candidate mRNA markers, including the HPCAL4 [Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287]. The HPCAL4 was included in the final penalized regression model with a coefficient of 0.936 for the cosine component, contributing to a model that achieved a root mean squared error of 3 hours and 44 minutes, with 78% of predictions correct within ±4 hours via five-fold cross-validation [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230].