Basic Information
Symbol
HPGD
RNA class
mRNA
Alias
15-Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase
SDR36C1
Short Chain Dehydrogenase/Reductase Family 36C Member 1
15-Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase (NAD(+))
15-Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase [NAD(+)]
Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase 15-(NAD)
Prostaglandin Dehydrogenase 1
EC 1.1.1.141
15-PGDH
PGDH1
Short Chain Dehydrogenase/Reductase Family 36C, Member 1
NAD+-Dependent 15-Hydroxyprostaglandin Dehydrogenase
Eicosanoid/Docosanoid Dehydrogenase [NAD(+)]
Eicosanoid/Docosanoid Dehydrogenase
EC 1.1.1.232
EC 1.1.1.-
EC 1.1.1
PHOAR1
PGDH
Location (GRCh38)
4:174490175-174523154
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_000860.6
Sequence length
2619.0 nt
GC content
0.3509
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-624.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-679.01 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
677.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 2619 nt | 0.3509 | |
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 2455 nt | 0.3515 | |
| AUUGUUUGCUUGUUUUGUUCCGGAGUCGGGGCCGGGAGGGAGUGCAGGA… | 2774 nt | 0.3529 | |
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 2378 nt | 0.3457 | |
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 2415 nt | 0.3499 | |
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 2512 nt | 0.3515 | |
| GAGCUCGCCCACCGCCCGCCCCAGCAGUGGCUGCACCAUGCACGUGAAC… | 1899 nt | 0.4086 |
Summary
This gene encodes a member of the short-chain nonmetalloenzyme alcohol dehydrogenase protein family. The encoded enzyme is responsible for the metabolism of prostaglandins, which function in a variety of physiologic and cellular processes such as inflammation. Mutations in this gene result in primary autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy and cranioosteoarthropathy. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2009]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the HPGD gene was downregulated in common in spleen leukocytes across all three injury models of trauma/hemorrhage, burn, and LPS infusion, indicating its role as part of a common early transcriptional response to systemic inflammation [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005]. In human burn injury patients, the HPGD was identified as one of 19 center genes commonly differentially expressed across early-stage, middle-stage, and control blood sample comparisons, associating it with burn injury progression [Wu et al. DOI:10.007/s10753-018-0829-0].