Basic Information

Symbol
HPSE
RNA class
mRNA
Alias
Heparanase HPSE1 HSE1 HPA Heparanase-1 Endo-Glucoronidase HPA1 HPR1 EC 3.2.1.166 Hpa1 HEP
Location (GRCh38)
4:83292461-83335153
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001098540.3
Sequence length
4581.0 nt
GC content
0.4324

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1527.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1611.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 996.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098540.3 NCBI
AGUGCUAGAGCUCUCGACUCUCCGCUGCGCGGCAGCUGGCGGGGGGAGC… 4581 nt 0.4324
NM_001166498.3 NCBI
CCAGCGCUGCUCCCCGGGCGCUCCUCCCCGGGCGCUCCUCCCCAGGCCU… 4430 nt 0.4343
NM_001199830.1 NCBI
CUGGCGGGGGGAGCAGCCAGGUGAGCCCAAGAUGCUGCUGCGCUCGAAG… 4388 nt 0.4289
NM_006665.6 NCBI
CCAGCGCUGCUCCCCGGGCGCUCCUCCCCGGGCGCUCCUCCCCAGGCCU… 4652 nt 0.4374
Summary

Heparan sulfate proteoglycans are major components of the basement membrane and extracellular matrix. The protein encoded by this gene is an enzyme that cleaves heparan sulfate proteoglycans to permit cell movement through remodeling of the extracellular matrix. In addition, this cleavage can release bioactive molecules from the extracellular matrix. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

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