Basic Information
Symbol
HRG
RNA class
mRNA
Alias
Histidine Rich Glycoprotein
HPRG
Histidine-Rich Glycoprotein
HRGP
Histidine-Proline-Rich Glycoprotein
Histidine-Proline Rich Glycoprotein
Thrombophilia Due To Elevated HRG
THPH11
Location (GRCh38)
3:186660216-186678452
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
MANE select
Transcript ID
NM_000412.5
Sequence length
1947.0 nt
GC content
0.4679
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-504.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-542.75 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
563.53
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((..((((((((((.(((((......)))))((((((((((.......(((...(((.........))).)))((((.....))))))))))))))(((..((((((((((...((....((..(((((........(((...((((((..((((((((((((((......)))))....(((.((((.((((.((((((...((((....)))).)))))).)))).)).)).))).....((((((((((((((...(((((......)))))..)))))((.((((.((((....(((((((((((.........))).))))(((((...(((.....)))...))))).((.(((...))))).....(((((.....)))))((((........))))..))))..))))...))))))........)))))))))(((((((.((....)).))))))).(((((.(((...................))).))).))........(((((((..(((((((((.(((((((((.((..........)))))))))..((((.((((.((((((((...((((.(((....((((((.....((.((((.(((...(((((((((((((((............((((.((((..((.((((((((((((....))))).....))))))).))..)))))))).................(((....(((....)))....))).((((......))))......))))))))............(((....))).....)))))))((((.((((.(..(((........)))....).)))).))))....((((....)))).......))).))))))...))))))...(((........)))((((..(((..(....)..)))..))))...))).))))......)))))))))))).)))).........))..)))))))))...(((((....)))))...((((((........((((.................))))........))))))....(((((...(((((..........((.((.........)).))..........)))))...))))).....((.((((.((((((((((.........)))))).........((((((.((......((((((.........)))))).............))))))))..((((......))))....((((((.................))))))((((((.((((..((((.((...((((((((.(((........)))))))))))...))...)))).....)))).))).)))....)))))))).))........)))))))..))))))))).(((((.((........(((((...........))))).....)).))))).....)))))).....))).....)))))..))...))...))))))))))..))).(((((((((((....(((((((....))))........((((((((......(((((((........))))))).((((((....))))))((((.......)))).....))))))))........(((..((.((((((((...))))))))))..))).((((..(((((((((......))).....))))))))))....(((.((((...(((.......(((((((....((.(((((.((((......(((((......)))))...)))).)).))).))....)))...))))......)))..)))))))....)))....)))))))))))...((((((....)))))).........)).))))))))..))).(.((((((.....)))))).)..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((.............(({.,(((..((((((((((.......,{{.,.(({,,......,))).)))|{|{.....))},))))))))))))))))(((,(((({(,...,}}|,|.{{{..........,}||,..(((((((...,{.........{((((.(({,,({((,((({(((({,,,,.||||||...{{((...,||||,||}||,.}}}}.})|)),))}.,.,{((((((((({((((...(((((......))))),.}|||,{{|(|,..{{({|||.,{,,(((((((,,.....,.))),||||,(({(..,(((...,,}}}...}}}}|,{,.{||...}))))..,,,|{|||....,||},,{(((........)))},,}}},..})))..,)))},,.,,}}...,))})))))|((((({.{(....|}.}))))}}.,{{,{.({{..........,}}.......},,}}|}}},,},...,,||((.((({{{{{.{||,.}||||||{.{{.|,,,,....}}}}}})}}..((((.((((.((((((((...((((.(((....(((((((,,,,{{,(({(.(({.,{(,,,|||((((((({,,...,|,....((((.((((..((.{(((((({{({(,,..}}}))}....})))))}.))..))))))))......{{{,.....,..((({,...}}})),}},},,),,.((((......))))......}))))))).,,||,,{,,,{(((....|||.,||,.|)))||((({,((({.{.,,,,,,,.....,.||,,...,.,..))}}.,}}||,,.,}})},}....},.)}).)))}}}.,.},}}},..,((,...,,...,,,{|||,,|||..|,,,.,..)),,,))))...))).))))......)))))))))))).))))...||},,.||}},,}|,}},....{((((....)))))...((((((......{.{{{{....,............})))........)))))).,))))))}}},,.,...))))),,}....))...))))))),{||,.........,||}}...}}},......,.,.)))).}}}((((((.........))))))...,,,({{..,,)),........((((((.........))))))..))))))))((.(((((((...{{,..,.((((((.....((((((.................)))))).....))))))..,{((.((...((((((((.(((........)))))))))))...))...}}))|{.{{(({{{{(({{{.....,},}}}}}((({(..{{((((..({...))..))).)}))))}.,,,.{{{|{(.((((((.((((((((..{((.((((((.(((.,..........{{{......}}}......,{,({,,,,,...{{{{...|||}.....,..,))))}||{...{((((((((,.......{{{{,.{((({{{,..,,,,{((((((........))))))).((((((....)))))){{{{.......}}}}.....,)))))}}........,((..((.((((((({...))))))))))..)))))))))))}...,,)},.}.))).))),.,)).)))))))))))....)))))).))}}}.|,,,,,.}}}|}}},||,{((((,((((...,.{(((({.....,)))}}...||}|,|}.}}|.............,||||.|,......,}...}}))).,,,,.,))))))))}}||,...((((((....)))))).,.{|||,.((((((((.....))))))))...},,,,.}}))))))).))......
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AAGGGAUGGUUUAACAAAAUGAAGGCACUCAUUGCAGCACUGCUUUUGA… | 1947 nt | 0.4679 |
Summary
This histidine-rich glycoprotein contains two cystatin-like domains and is located in plasma and platelets. The physiological function has not been determined but it is known that the protein binds heme, dyes and divalent metal ions. The encoded protein also has a peptide that displays antimicrobial activity against C. albicans, E. coli, S. aureus, P. aeruginosa, and E. faecalis. It can inhibit rosette formation and interacts with heparin, thrombospondin and plasminogen. Two of the protein's effects, the inhibition of fibrinolysis and the reduction of inhibition of coagulation, indicate a potential prothrombotic effect. Mutations in this gene lead to thrombophilia due to abnormal histidine-rich glycoprotein levels. [provided by RefSeq, Nov 2014]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that combining gene expression profiles from multiple tissues, specifically the pituitary and skeletal muscle, improved chronological age prediction accuracy to a root-mean-square error of 3.6 years [Wang et al. DOI:10.3389/fgene.2020.01025].