Basic Information
Symbol
HSFY1
RNA class
mRNA
Alias
Heat Shock Transcription Factor Y-Linked 1
HSF2L
Heat Shock Transcription Factor, Y-Linked
HSFY
Heat Shock Transcription Factor 2-Like Protein
HSF2-Like
Location (GRCh38)
Y:18546691-18588963
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
MANE select
Transcript ID
NM_033108.3
Sequence length
1395.0 nt
GC content
0.3849
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-311.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-337.91 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
374.30
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGCAUUUGAAGCUGCAGUCCUGAAAACCAUGCAGGCCGGAAGAGUAGAU… | 1395 nt | 0.3849 | |
| UAAGUGUACAUGCUUAGGCCUUCUGAAGCAGCAUUUGAAGCUGCAGUCC… | 1058 nt | 0.3629 |
Summary
This gene encodes a member of the heat shock factor (HSF) family of transcriptional activators for heat shock proteins. This gene is a candidate gene for azoospermia, since it localizes to a region of chromosome Y that is sometimes deleted in infertile males. The genome has two identical copies of this gene within a palindromic region; this record represents the more centromeric copy. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A collaborative exercise in human samples demonstrated that the HSFY1 was evaluated in a preliminary study but gave inconsistent results during singleplex testing and was not included in the final validated semen pentaplex [Haas et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2012.10.011].