Basic Information

Symbol
HSP90AA1
RNA class
mRNA
Alias
Heat Shock Protein 90 Alpha Family Class A Member 1 HSP90N Hsp89 Hsp90 HSPC1 HSPCA Heat Shock Protein 90kDa Alpha (Cytosolic), Class A Member 1 Lipopolysaccharide-Associated Protein 2 Heat Shock Protein Family C Member 1 Heat Shock 90kDa Protein 1, Alpha Renal Carcinoma Antigen NY-REN-38 Heat Shock 90kD Protein 1, Alpha Heat Shock Protein HSP 90-Alpha LPS-Associated Protein 2 Heat Shock 86 KDa FLJ31884 HSPCAL4 HSP90A HSP 86 HSP86 LAP-2 Heat Shock Protein 90kDa Alpha Family Class A Member 1 Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Li 65p Epididymis Luminal Secretory Protein 52 Heat Shock 90kD Protein 1, Alpha-Like 4 Heat Shock 90kD Protein, Alpha-Like 4 EC 3.6.4.10 HEL-S-65p HSPCAL1 HSP89A Hsp103 EL52 HSPN LAP2
Location (GRCh38)
14:102080738-102139699
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005348.4
Sequence length
3228.0 nt
GC content
0.4160

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-846.88 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -910.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1041.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001017963.3 NCBI
GACUGCGCAGGCGUGCUCACCUGGCGUGCUCCACCCGACUGGGCGUCCG… 3880 nt 0.4572
NM_005348.4 NCBI
AGUUGCUUCAGCGUCCCGGUGUGGCUGUGCCGUUGGUCCUGUGCGGUCA… 3228 nt 0.4160
Summary

The protein encoded by this gene is an inducible molecular chaperone that functions as a homodimer. The encoded protein aids in the proper folding of specific target protein s by use of an ATPase activity that is modulated by co-chaperones. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

A study in human burn patients demonstrated that the HSP90AA1 mRNA transcript was upregulated at admission in the early mortality group, associating its expression with poorer prognosis [Misganaw et al. DOI:10.1093/jbcr/iraf012]. In a separate human study of post-mortem tissues from sepsis patients, the HSP90AA1 gene was downregulated as part of inhibited protein folding and autophagy pathways in sepsis [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938]. A study in the blow fly *Calliphora vicina* demonstrated that the HSP90AA1 is rapidly up-regulated after cessation of feeding in post-feeding third instar larvae under both diapause and non-diapause conditions, maintaining a high expression level with a slight but steady increase over time, and significant differences in its expression were found between diapause and non-diapause conditions during the first eight days [Fremdt et al. DOI:10.1007/s00414-013-0920-x]. In a rat model of hypothermia, hypothalamic transcriptome analysis identified the HSP90AA1 as being more abundantly expressed in control hypothalami compared to hypothermic ones, with 24 tags versus 9 tags, respectively [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2012.04.017].