Basic Information

Symbol
HSPA12B
RNA class
mRNA
Alias
Heat Shock Protein Family A (Hsp70) Member 12B C20orf60 Heat Shock Protein Family A Member 12B Heat Shock 70 KDa Protein 12B DJ1009E24.2 Chromosome 20 Open Reading Frame 60 Heat Shock 70kD Protein 12B
Location (GRCh38)
20:3730248-3753553
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_052970.5
Sequence length
3133.0 nt
GC content
0.6451

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1421.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1471.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 958.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001197327.2 NCBI
AGGGCCGGGCGCACGUCGAGGGCUGCGGCCGCCGCAGCGGGCACGGCCA… 3130 nt 0.6450
NM_001318322.2 NCBI
AGGGCCGGGCGCACGUCGAGGGCUGCGGCCGCCGCAGCGGGCACGGCCA… 3035 nt 0.6428
NM_052970.5 NCBI
AGGGCCGGGCGCACGUCGAGGGCUGCGGCCGCCGCAGCGGGCACGGCCA… 3133 nt 0.6451
Summary

The protein encoded by this gene contains an atypical heat shock protein 70 (Hsp70) ATPase domain and is therefore a distant member of the mammalian Hsp70 family. This gene may be involved in susceptibility to atherosclerosis. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

A study in human postmortem cerebellar tissue demonstrated that the HSPA12B mRNA was significantly downregulated in individuals who died from severe frontal cortex traumatic brain injury compared to a reference group who died from natural causes [Schober et al. DOI:10.1007/s00414-014-1129-3]. The combination of the HSPA12B with FOSB mRNA completely discriminated the two groups with 100% concordance in a logistic regression model, a finding unaltered by confounders such as age, survival time, and postmortem interval.