Basic Information

Symbol
HTR2A
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 2A 5-HT2A HTR2 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 2A, G Protein-Coupled 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 2A Serotonin 5-HT-2A Receptor Serotonin Receptor 2A 5-HT2 Receptor 5-HT-2A 5-HT-2
Location (GRCh38)
13:46831546-46897076
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000621.5
Sequence length
5415.0 nt
GC content
0.3837

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1375.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1478.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1381.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((((....))))).((((((.....))))))......))))))).(((((((....(((((((..(((((.(...((((((((((.((.(((((((((.(((((((((((((....)))).....(((((((..(((((((((((.((.((((.((((.((((((..((....)).)))).(((.(((((((((((...)))))))))))))).((((..(((((((......(((((((((.....((((((........))))))..((((((((((((....)))).(((.(((......)))))).((((((((....................))))))))(((((((((((.((.(((((..((((((((((.(((..(((.((..............))...)))...(((..((((((((((.((..((((((((.(.(((((((..............))))))).).))))......))))..)))))))).....))))..)))......((((((((((.....(((((.(((.((((.((((.........))))...(((((((((.(((((((...((((....(((((((((((((.(((((.(((((((((((..((((((.((..((((........)))).)).)).))))))))))((((.......))))....(((.(((...))).)))((((((.....))))))(((.((......)).)))...............))))))).))).)))))...))))).))).(((.((((((((((......)))))((((.........(((((..((((..(((.....((....(((((((....)))))))...)))))..)))))))))..........)))).((((........))))....(((((..(((((((((.((((((((((((.(....).))))...)))...))))).)))))..))))..))))).....((((((((..((((((..........(((((.......(((((((......)))).))).......)))))((((((((...(((.....)))....))))))))..)))))).)))))..)))..((.....))...))))).))).))))))))))).)))))).)))..........(((....)))(((((((..(((((..((......))..))))).......((((..(((((...........(((((.........))))).........))))).)))).......((((((((..(((...((......((((....))))..(((((.........)))))...))...)))..)))))))).((((((((((....))))...))))))..(((((((.((((((.((.............(((((((((..(((((.((((.....(((((((......(((((((((((.((((((((((((....))).)))))))))......))))))))))).(..((..((((.((((((.((((....))))..))))))...)).))..))..).((((((((((((((((((((((((((((((((..(((..(((((...(((....(((.......)))....))))))))..)))..))))))))))))))((((((.((........)).)))))).......((((((.((((.((((........)))))))).)..)))))))))))))).(((....(((((((((((....((((..((((((..(((((..(((...(((...(((...((((.(((((((((...(((....)))...(((((...((((((.((.((((((((((...............(((((.....(((.((((.(((.....(((....)))...((((((.....(((((...(((((........(((.....((((.((((((.......((((..(((.(((((...(((.....)))....)))))))))))).....(((............)))((((((((((((((..(((((((((((((((.....((.((((((....)))))))).....))))))..)))......))))))................((((((..((((.....((((((....))))))....))))...)))))).........))).))))))))))).(((((((((((((......((((((...)))).)).(((((((((((((.(((((......))))).))(((..((((((...((((((((((((.......((((((..((((((..(((((((((((..........(((((....((((.(((....))).))))....)))))...((.((((..(((.(.((.(((((((....))).)))).)).)))).)))).))....(((((........))))).))))).)))))).))))))..).)))))....(((.((((((..(((((.((........)).)).)))..)))))).)))...........(((.....)))))))))))))))....))))))..)))......................))))))))))).)))))).)))))))((..(((.((.((((...)))).)))))..))))))))))))....)))........)))))))))).....))))))....)))..)))).))).....)))))............))))))))))..)).))))))..)).))).))))))))).))))..)))....))))))..))).))...)))).))..)))).((((((((((((((..(((....((((..........)))))))..)))))))))))))).(((((((.(((.((.(((((.....))))).)).)))..))))))).(((.(((((..((((((..(((((((.((((......))))((.(((..((((((...)))))).))).))((((((((((((......)).)))))....)))))..(((((((..(((((((((((((..........)))))))))))............(((((.......)))))..........))..)))))))((((....)))).......((((((.......))))))........................((((((......((((((((..((((..((((((....))))))......((((((....))))))))))(((((((((((.((((((...(((.((.(((.(....)))))).)))....))))))..)))))).)))))........................(((((((((((((.(.(..(((((((....)))))))..).))).....)))))))))))(((((((......)))))))......((((((...))))))......)))))))).....))))))....((((.......))))..........................((((((((((.....))).)))))))............(((((((((((((((((.((...............((((((..((((..((((((....)))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))))...)))(((((((......(((((((........(((.................)))......)))))))...(((((.(((((...))))).)))))...............)))))))................((((.(((.....))).)))))))))))))........(((((((((((....(((((((..(((((.....................((((((((((......(((((((...........)))))))......)).))))))))....(((((.(((.....))))))))..(((((....))))).))))).))))))).)))))))))))(((((....)))))...........))))))).......)))).)))))....))))))))).....)))))))))))))))...(((.((((((......)))))).))).)))))))....)))).))).)))))..........((((.(((........))).))))..))))))))))......((((......)))).........)))...))))))))))...))))).))......(((.(((((((.((.(((((((((.(((((((((...((((((...(((...(((........)))...))).........((((..(((((...(((((....)).))))))))))))(((....)))....))))))....)))))))))(((.((...((((((((((((...........((((((((((..((.((....)).)).((((((....))))))...((((.((((..((((.........(((((((....)))))))........))))..)))).))))..))))))))))(((((.(((((....))))))))))((((..((((((((((....))))..))))))..))))..(((((.((((....))))..((((((.((.............)).))))))......)))))...........))))))))))))....)).)))))).)))))))).))))))))))..)))))))))))......))))))))(((((((((..(((.((...))))).)))))))))..)))....)))))).......)))))))..))))....((((......))))...((((((.((...(((((.((((....((((.........))))((((((((.....)))))))).(((((((......))))))).((((...(((((((.((((....)))))))))))...))))..........)))))))))..)).)))))).(((((((...))).)))).(((((.(((((((......................)))))...)).)))))..(((......))))))))).))))...))...))))..))))))).))))))).........))))))))).........))))))))))).)))...((((.....)))).....(((((...((......))...)))))..(((...)))......)))))))...).))))).)))))))...))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((..(((((....))))).((((((.....))))))......))))))).(((((((....(((((((..(((((.(..,((((((((((({(({,,{({{{,,.,..,({(((.(((((((((.(((((((...((((((((((({.{{{({{(((..(((({(((((...((....))......(((,(((((((((((...)))))))))))))).(((((((............)))))))..................{(((((((((.(,,,.{{{{{(((({..(((((((((((......))))...((((((((....,,..........,...))))))))..))))))))))}(((((.({{{...}})}.)))))..((({((..............||,..,,,..,||,..{(((((((((.((..((((((((.{.(((((((..............))))))).}.))))......))))..)))))))),....,})}..}||,,,,,{{{{,.((({....,}}}..,||||,..,,,||{,.{{,,,,,,||||({.,,((((({,.{(((((({{.({{..,,,.{{|{,||{|||{.|||||,|||{,((((((..((((,,.((,,((((........)))).,)})).)))))))))),,....((((,{((((((((.,.(,{{.(((({....})))}.},.),,.)))))))},),,,..}},)),,,....,,.......|||||||.}}}.}}}}}.,{||||,,}}}.....,,,||(((((......)))))((((.........(((((..((((..(((.....((..,.(((((((....)))))))}..)))))..)))))))))..........)))).((((,.......||||.{,{{.,,,,|,.((((.((((({,....|,..))))).)))).....,,,,{.||||,,|||||||||,{..{{{.{{{(.((,(({{(,..{{{,,|,.,,.}}}}}||,,|.}}}..}||||(((......))))})))}},,..,)))),{(((((((.,.(((.....}}}...}))))))))..)))))).,}}}}.,}}}.,)))),,.})}|,||||.,,,.,))))))))))),))))}}.,))}.)))))}}.))}))))))})),..))))||||{..((......))..}}}}}.......((((..(((((...........(((((.........})))).........))))).)))).......(((((((((..(((((,,.,....,{,,.,}}),||.,{((((,.......,}}}}|,..|{{(({((((.....))))(((((({({,,,..}))).,.))))))......{{{........}},.}}}}}......)))))..)).))))))}.....,{,....}}}.......(((((((((((.((((((((((((....))),}))))))}}...,,.))))))))))).},))))))))))((((((.((((....))))..)))))).}}.))))|(((((((((..((({{(((((((((((((((((((((((..(((..((((,.,{(((.,..(((.......)))..,.))))))))..)))..))))))))))))))((((((.((........)).)))))).......((((((.((((.((((........)))))))).)..))))))))))))))))))..}},.......}))))))}....})).))))))))).}}.,.,,,{{{,{,,{{{|.{({{.{{{{{((((...,||,,.,)))...{{{((.,.((((((.((.((((((((((........((((((((((((((.,,{,.{(,...........{((({{({||.....{{{...{{{........}})},,.......,...}}},}||..,.}},.....,.,},}}...)))))))..)))))))......(((((((((((.{((,.{{{.,{{}},..,},....,},((((((((((((((..((((((((({{((((,....{(.((((((....)))))))}.....})))))..)))......))))))....||..........((((((..((((.....((((((....))))))....))))...)))))).......,,))))))))))))))).((((((((((((,,,{,,.((((({...}))).)),||||{{{,{{{((.(((((......))))).)){{{..{(((((..{((((((((((((......,((({((..((((((..(((((({((((.{({,..{{{(,,(({..,(,(({{,.{,,,.{{{|,|{{{{{,,|||{{{(({,{{,..((,....,}|,||||}}},,,)).))))}))})),)}))))}),}}..|||,,..}}},..))})).))))).)))))).))))))..)}})))}.,..(((,(({(((,,((((,.{,........,,.))}),}..)))))}.))),,.........{{{.....))))))))))))))),,..))))),..})).......,{{{{{{....,,..,,))},))))),)))))))))))))){(..(((.({.((({...}))).}))))..)){((....)))|{{{{{.{{{{{..{|||||,,,,|}},...})))),}}}}||,,,....,,,,...))))))))))}.......))))))))))..)).)))))).,)),|||,}||||||}|,||}|,..{{((,,((((.....))))....||||{||,,,..,.{(((((((((((((..(((....((((..........)))))))..)))))))))))))}.(((((((.{((.((.(((((.....))))).)).}))..)))))))..,,{((((((((((.(({.((((((((((((.,{{..,{{{(,,.....,,..}}}}.,||(((((((((.(((((,{((((({{....,)}))),)}...))))).|(((((((..(((((((((((((.......,..)))))))))))............(((((.......)))))..........))..))))))){{{{{(((({(((((,((.,(((((,..,,{{||},,,........................{(((((......((((((((.,((((..((((({....})))))..,...((((({....})))))}))}(((((((((((.((((((...(((.((.((({(....)))))).)))....))))))..)))))).)))))........................((((((((((({(.(.(..(((((((....)))))))..).}))},...)))))))))))(((((((......))))))),.||..((((((...))))))..,...)))))))).....)))))}..(((((((,,.,,.{{...........,,.,,............((((((((((.....))).)))))))............{((((((((((((((((.,,..............,((((((..((((..((((((....))))))))))))))))),.))))))))))))))))},,,{{.(((((...........))))).)}.....,{||((((((((,.....(((((((.,......(((...,........,,,..)))....,,)))))))...(((((.(((((...))))).))))).....,}}}}},,,.,}})))).....}}}}}}|{((((,,.(((((.((.(((((((,,..{{||..........(((((((((((..,.{(((({{{(((((,{,.,..............,{,(((({{{{||||||,.(((((((...........)))))))......}|.})))))}},,..(((({{(((.....))}))))).,|||||..,,}))))}),},),))}})}}.)))))))))))((({...{{{|||,....{{{{....}})).....})))))..,.})))}))))))).)).))))).,,))))}|{{{{{.....,{{,|||||{,,,,,,}}))}}.})),},.}|||||||,{{({{{.{|,|||.,,{{,{,..((((.(((........))).)))),,},}},}}}}},.,,..|,{|.,,,,.})).,,,.},..})},.}}})}}}))),.....||||..,{||{{{{(({(.,((...,,.,.{(({,...}))},,,..))..}|||||}}|||...|||,....}}})))}))}.,,},..)))))))))))}))}....))))))))))}{{{{{{(((({{({(,,.,||}.{{.{(((((({...}))))))),)}}|......,.,,||,||||||}|||,..,|{|,|||}}|},})})}},.,||{||.,((((((((((((((((.{{({,....,(((((((((..{{{{(,{{{{{,,,,|}|||||,{{,.,,,,,|,,.{((({..(({....{{.{({.(((((.(((((....)))))))))).}}}.}},,.))}..}}))),,.},..,.,,,...,}|,,,{{{.((((((.(((((((.,,,.(({(,.............,.{{|||..,,{{{.((((......)))).,))}}},))))}(((((((((.....(((((({{((((((.{(((((.((((((.,..{{,.((((..(........}..)))).}}}....))))))..)))))|((((.{{......}).)))),((.(((((.{((((((((..,,,{.{{{{,|||,..{{((({{,((....|,,...|{||,||}|}{{{,,,{|,,}}}}|||||||{.....},}||||..(((((((......))))))).{|||,..((((((,{((((....)))))))))))...,}}|,,......})}},}..}))}),....))))))))}(({...}))........))))).})))))))))))))).....))))))))){||,...}))).....,,......,,)))).,,))))))))))))).))|}|,}..,}}}.},}}}}}}}.,}}},,,,))))).)))))))))..,},}}}))))))}}}}}})}|.},..))))}}}.}}}})}}}}},.}}}}.,}}.}}))})},,))}),)))..,,,,)})))))...).))))).)))))))...)))))))..,,,....,,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000621.5 NCBI
AGAGAGCUACUCCAUUCCCGUGGAAACCAGGAGUCCCUUGGUGCAGACA… 5415 nt 0.3837
NM_001165947.5 NCBI
AGAGAGCUACUCCAUUCCCGUGGAAACCAGGAGUCCCUUGGUGCAGACA… 4675 nt 0.3773
NM_001378924.1 NCBI
GGACAUGUGAGAAACACGCAUACAGAGGUAGCACCGGAGACGAAGUGGG… 5166 nt 0.3792
Summary

This gene encodes one of the receptors for serotonin, a neurotransmitter with many roles. Mutations in this gene are associated with susceptibility to schizophrenia and obsessive-compulsive disorder, and are also associated with response to the antidepressant citalopram in patients with major depressive disorder (MDD). MDD patients who also have a mutation in intron 2 of this gene show a significantly reduced response to citalopram as this antidepressant downregulates expression of this gene. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the expression of the HTR2A mRNA in the hypothalamus and frontal cortex showed no significant change in a fatal hypothermia group compared to controls [Umehara et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2011.01.005]. Research in human and mouse models investigating prenatal psychostimulant exposure identified the HTR2A as a serotonin receptor mRNA expressed in the human fetal pancreas [Korchynska et al. DOI:10.15252/embj.2018100882].