Basic Information

Symbol
HTR2C
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 2C 5-HT2C 5HTR2C HTR1C 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 2C, G Protein-Coupled 5-Hydroxytryptamine Receptor 1C 5-HTR2C 5-HT1C 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 2C Serotonin 5-HT-1C Receptor Serotonin 5-HT-2C Receptor Serotonin Receptor 2C 5-HT-2C 5-HT-1C
Location (GRCh38)
X:114584078-114910061
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000868.4
Sequence length
4743.0 nt
GC content
0.4094

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1372.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1464.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 972.43
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000868.4 NCBI
GAGGUAGGCGCUCUGGUGCUUGCCGAGGACGCUUCCUUCCUCAGAUGCA… 4743 nt 0.4094
NM_001256760.3 NCBI
GAGGUAGGCGCUCUGGUGCUUGCCGAGGACGCUUCCUUCCUCAGAUGCA… 4834 nt 0.4092
NM_001256761.3 NCBI
GAGGUAGGCGCUCUGGUGCUUGCCGAGGACGCUUCCUUCCUCAGAUGCA… 4648 nt 0.4096
Summary

This gene encodes a seven-transmembrane G-protein-coupled receptor. The encoded protein responds to signaling through the neurotransmitter serotonin. The mRNA of this gene is subject to multiple RNA editing events, where adenosine residues encoded by the genome are converted to inosines. RNA editing is predicted to alter the structure of the second intracellular loop, thereby generating alternate protein forms with decreased ability to interact with G proteins. Abnormalities in RNA editing of this gene have been detected in victims of suicide that suffer from depression. In addition, naturally-occuring variation in the promoter and 5' non-coding and coding regions of this gene may show statistically-significant association with mental illness and behavioral disorders. Alternative splicing results in multiple different transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that prenatal exposure to psychostimulants like amphetamine, cocaine, and methamphetamine permanently impairs glucose homeostasis in adult female offspring by reducing insulin and serotonin content in pancreatic beta cells, linking this effect to serotonin signaling and sex-specific epigenetic reprogramming of serotonin-related gene networks upstream of the transcription factor Pet1/Fev [Korchynska et al. DOI:10.15252/embj.2018100882]. In a separate investigation, transcriptomic analysis of the mouse primary somatosensory cortex following burn injury or formalin-induced inflammatory pain revealed that the HTR2C gene was downregulated in both pain models one hour after injury [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].