Basic Information

Symbol
HTR3A
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 3A 5-HT3R 5-HT3A HTR3 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 3A, Ionotropic Serotonin-Gated Ion Channel Receptor 5-Hydroxytryptamine Receptor 3 Serotonin Receptor 3A 5-HT-3 5HT3R 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 3A 5HT3 Serotonin Receptor 5-HT3-A
Location (GRCh38)
11:113975075-113990313
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000869.6
Sequence length
2205.0 nt
GC content
0.5542

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-815.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -851.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 438.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((...........((((....))))((((.((..((..(((((((((...((((((.((((((....)))))).)(((((...((.(((((((.....((((((((((..(((((..((((((.((.((((((((.....)).)))))).)).)))))))))))((((..((.(((.((......))))).))..)))).....(((((((((((((..(((((((.....))))).((((((((.....(((((......)))))......)))))))).............((((((((((.(((((...((((((......))))))...)).)))..)))))).).))).((((.((((.((((((...((..((((...((((((.(((.((((..(((.(..(((((.......)))))..)))).((.(((((((.(((((.......)))...))))))))).)).(((((((..(.(((.(.(((.(((.((((....(((.....)))))..(((((((........))))))).)).)))))))))).)..)))))))))))))).))))))))))))...))))))....)))).)))).........((((((((((.((((((.(((.......((.....(((((((...)))))))..)).......)))..)))))).)))).)))))).(((....((((((((.((((((((((.(((((((((((((...((((((((((((((.(((.((((....)))).))))))))......((.(((((((((....(((((....(((((((((.((.((.......)).)))))))))))....)))))((((((..((......)).))))))((((......))))..((((.((...(((((((((...((....((((((((((...(((...((((((......((((.(.(((((.......(.((((........)))))......))))).)))))((((......))))..........)))))).....)))....))))))).)))....))...)))))))))...)))))).))))))))).)).))))))))).....)))))))))..))))..))))))))..)).)))).))))....)))...(((((((.....)))))))))..)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))((((((....))))))...(((((.....((((..(((((........)))))..))))....))))).)))))..)))))))))..))..)))))))))))...(((....((((((((((((((((((((((.(.(((..((.((((((.(((((((((((((((((((.((((((..........)))))).)).((((((((((((((((..((.((.((((.....)))).(((((((..(((((......))))).(((.((((.(..((((((.......)))))).).)))))))..)))))))...)).))...)))))))..))).))))))(((((((.....))))))).((.((((...((((((((((((..(((.((((.(......).)))).)))..)))))(((((((...(((.(((((((..(.((((...(((........)))...)))).).(((..(((((.......(((((.((.((........)).)).)))))...)))))..)))..(((............)))......)))).))).)))..)))))))..........(((((..(((((.........)))))...))))))))).)))..)))).)).......)))).))))))..............))))))).......((((((((.......))))))))....(((..(.((((..........)))).)..)))......................((((((((((...))))))))))......((((...((((.((.........)).)))).)))))))))).))..))).).)))))............))))..))))))..(((((((((....)))...((((((....))))))...)))))).......)))))))...)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........,,.(({{,.,..{{{....|||{....}}}|((((.((..((..(((((((((...(((((,,(({(((,,..|||||}.}(((((...((.(((((({.....((((((((((..(((((..((((((.((.((((((((.....)),}))))).)).)))))))))))((((..((.((({((......))))).))..)))).....(((((((((((((..(((((((.....))))).((((((((.....(((((......)))))......))))))))........{{{,,((((((({((.(((((...((((((......))))))...)).))).,,|||||,|,||}.{(((.((((.((((((...((..(({(,,,((((((.(({.((((,.{({.,..(((((.......))))).,,}},.{(,(((((((.(((((.......)))...))))))))),)}.{((((((..(.(((.{.((,{(((.({{(....{(,...,.,,,}}..(((((((........))))))).)).))))))}))).}..)))))))))))}}),))))))))))))...))))))....)))).))))})},,,}}}((((((((((.((((((.(((......,(,..{,.(((((((...))))))).}),}}.,...)))..)))))).)))).)))))).{({....((((((((.((((((((((.(((((((((((((...(((((((({(((((.(((.((((....)))).))))))))......((.(((((((((.,,,((((({,.,(((((((((.((.((.,,.,,.|}.|}}}}}}}}}},,|,}||||((((((..{{......}}.)))))){{{,.,,,,.))))..{(((,,,.,,(({((((((,.,{{....{{(((({(((...{|{.,,{{||{{,,,,,}||{{.{,|||||}}.....{.((((........)))),....|,|||||.}||||(({(......))),......,,,.}})}}}....,}||,...}}))))}.))}....))...))))))})),,,))}}},.))))))))).)).})))))))).....))))))))),.,)))..))))))))..)).))))},)))....}}}...,{|{|{|,,,,,))}}}},))..)))))))))))))))).)))))))))))))),})))))((((((....))))))...{((({.....|||(..(((((........))))).,))))...,))))),)))))..)))))))))..))..)))))))))))..,(((....(((((((((((((.({(((({{.,.(((..,,.((((((.((((((((((((((((({(.((((((..........)))))).},,(((((((((((((((({.{{.||{({(({{{{{||||,((({((,..{(|{{,,...|)}))),{{{.{(((.{..((((((.,.....)))))).).))))))),.)))})))}.,))}}),..,)))))}..))).))))))|((((((.....))))))}.((.((((...(((((((((((,{{(((.((((.(......).)))).))),})))))(((((((.,.(((.(((((((.,(,((((.{.(((......,.)))..,)))).,.(((..(((((...,,..(((((.((.((........)).)).))))),},)))))..)))..{((............))}....,.))))},)).)))..)))))))..........(((((..(((((.........)))))...))))))))).)))..)))).)).......)))).))))))....,,....,,..))))))).......((((((((.......))))))))....(((..(.((((..........)))).)..))).......}}}}}}.........((((((((({...}))))))))).......,,,...,,,{.(({{{{..,,.,,.}})}.,)))))),,}.,,..}}}.).))}},...........}))).,.))))))..((((((,{{....|}}...((((((....)))))).,.)))))).......)))))))...}))....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000869.6 NCBI
GAAACAUGAUCCAGCUGAAGGACUGAUUGCAGGAAAACUUGGCAGCUCC… 2205 nt 0.5542
NM_001161772.3 NCBI
AGCUGUCUUGUGCCACUUGCUCUUCCAAGCCAGAUCUCUGCUUUCCUGU… 1997 nt 0.5418
NM_213621.4 NCBI
GAAACAUGAUCCAGCUGAAGGACUGAUUGCAGGAAAACUUGGCAGCUCC… 2301 nt 0.5580
Summary

The product of this gene belongs to the ligand-gated ion channel receptor superfamily. This gene encodes subunit A of the type 3 receptor for 5-hydroxytryptamine (serotonin), a biogenic hormone that functions as a neurotransmitter, a hormone, and a mitogen. This receptor causes fast, depolarizing responses in neurons after activation. It appears that the heteromeric combination of A and B subunits is necessary to provide the full functional features of this receptor, since either subunit alone results in receptors with very low conductance and response amplitude. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HTR3A mRNA levels were similar between alcohol-heightened aggressive (AHA) and alcohol nonheightened (ANA) mice in the prefrontal cortex, striatum, hippocampus, amygdala, hypothalamus, and midbrain [Chiavegatto et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2009.00544.X]. In a separate study in mice, the HTR3A was significantly downregulated (0.01-fold) in the injured dorsal root ganglia following spinal nerve ligation [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].