Basic Information

Symbol
HTR3B
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 3B 5-HT3B 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 3B, Ionotropic 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 3B 5-Hydroxytryptamine 3 Receptor B Subunit Serotonin-Gated Ion Channel Subunit Serotonin Receptor 3B 5-HT3-B
Location (GRCh38)
11:113904796-113949079
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006028.5
Sequence length
4406.0 nt
GC content
0.4719

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1510.95 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1592.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 998.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001363563.2 NCBI
AUUCUGUCUCCAAAAUGCAAGAUUGUUGUAAAAUGGAAUUGUAGGUACA… 4515 nt 0.4653
NM_006028.5 NCBI
AGCACCAGUAAGGAUAGCAUCAACUGGCAAACGGAGAAGGAGGAGAACA… 4406 nt 0.4719
Summary

The product of this gene belongs to the ligand-gated ion channel receptor superfamily. This gene encodes subunit B of the type 3 receptor for 5-hydroxytryptamine (serotonin), a biogenic hormone that functions as a neurotransmitter, a hormone, and a mitogen. This receptor causes fast, depolarizing responses in neurons after activation. It is not functional as a homomeric complex, but a pentaheteromeric complex with subunit A (HTR3A) displays the full functional features of this receptor. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant transcriptional changes in injured dorsal root ganglia, including the downregulation of the HTR3B gene, which was reduced to 0.02-fold of sham levels six days post-injury [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].