Basic Information

Symbol
HTR4
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 4 5-HT4 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 4, G Protein-Coupled 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 4 Cardiac 5-HT4 Receptor Serotonin Receptor 4 5-HT4R 5-HT-4
Location (GRCh38)
5:148446042-148677235
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000870.7
Sequence length
3336.0 nt
GC content
0.5372

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1200.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1261.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1097.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000870.7 NCBI
AGAUGAGCAGCGCUCCGGCCAGGGAGGGCGCGUGCUGGCCAGCCCGGAA… 3336 nt 0.5372
NM_001040169.2 NCBI
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAU… 1364 nt 0.4956
NM_001040172.2 NCBI
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAU… 1238 nt 0.4774
NM_001040173.2 NCBI
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAU… 2985 nt 0.4985
NM_001286410.1 NCBI
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAU… 1283 nt 0.4770
NM_199453.3 NCBI
GACCCUGUGGGCAUUGAAAUCCAACUCACUCAUGCUUAUUUCCUGUAAU… 1440 nt 0.4965
Summary

This gene is a member of the family of serotonin receptors, which are G protein coupled receptors that stimulate cAMP production in response to serotonin (5-hydroxytryptamine). The gene product is a glycosylated transmembrane protein that functions in both the peripheral and central nervous system to modulate the release of various neurotransmitters. Multiple transcript variants encoding proteins with distinct C-terminal sequences have been described. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant whole-transcriptome changes in injured dorsal root ganglia, with the HTR4 being downregulated 0.04-fold six days post-injury [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].