Basic Information

Symbol
HTR7
RNA class
mRNA
Alias
5-Hydroxytryptamine Receptor 7 5-HT7 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 7 (Adenylate Cyclase-Coupled) 5-HT-7 5-HT-X 5-Hydroxytryptamine (Serotonin) Receptor 7, Adenylate Cyclase-Coupled Serotonin Receptor 7
Location (GRCh38)
10:90740823-90858039
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_019859.4
Sequence length
3467.0 nt
GC content
0.5059

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1226.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1288.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1283.96
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((..(((.((.((.((.((.((((((((...)))))..))).)).)).)).))))).))))))).)))(((((((((.(.....).)))))((((((((.((((((((((((.(((((..((.(((((..(((((((..((.(((....))))))))))((((((((((.((...((((..(((((((((((((((((.((((..(((((.......)))))..)))).)))).(((.....)))))))))).)))))).(((((...........)))))........((((.(((((((((.(((...(((.....)))..))))))))))))..)))).)))).)).))))))))))....((........))))..))))).))))))).....(((((((((.((((((...(((((...))))).)))))).))).))))))....((((((((((.(.((......))).)))).)))))).(((((((((.....((((.((.........)))))).)))))))))))))))))))))...((((.......))))(((((((.((.....))..))))))).))))))))..(((.(((((.(((((......)).))).))))))))((........))((((....))))((((((..((((((((((((((.....)))))((.((((((((....((.((......))))....)).)))))).))....((((((((..((((((.........))))))..))))))))((((((.(((((((..(.(.((((((.((((((((((......(((.((.((((((((.(..((..((.((((..(((((.(....((((((.((((.((.(((....))))).))))...))).)))).))))).((((((.....)))))))))).))..))..).)))))))).)).)))..(((((((((((((((.(((.(((((((...................))))..)))(((..((....))..)))...(((((((.(((..(((..((((..(((.((((.(((((((((....).))))).))).))))...))).)))).....)))..))).)))).)))..........((..(((((((((.(((........)))...)))))))))..))...))).))))))))))(((.((((.(((......)))...)))).)))......))))).)))))))))).))).(((((((((((((.((((((((((...((((..(((((((((..((..((((((......((((.((((((((((((.((...)).))))))..........(((((((..(((.((((((....((((((((((...(((((((.....(((((((....((((((((........(((((((((((((...(((.((((((...)))))).))).))))))......................((((((.........)))))).))))))).)))).))))...)))))))...((((........))))...((((((((((((....))))..((((......))))))))))))(((((......))).))((((((.........)))))))))))))))))))))))...)))))).)))..))))))).)).)))).))))....))))((((((.(((((..(((((((((.......))))))))).))).))......)))).)).((((....)))).))..))..))))))))).......((((.....((((((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((....((((((((((((....(((((.....)))))(((........)))......(((((((((((((...(((((((((......))))))))).......(((....(((.(((.((..((....)).)).))))))...))))))))))))))))((((((.((.((.((((..((((((((..((((.....)))).))).)))))(((.(((((((((...........((((..(((((.....))))).))))((((..(.((((((........)))))).).)))).)))))))))...)))(((((.(((((((....))))))).)))))(((...((((....))))...))).)))).)).)).))))))....))))))).)))))(((....)))......))).).)))))......)))))))))))..........))))))))..)))))))).......))))((((((((((((.....)))).......((((((..(..((((((((.((((((.((.......)))).)))).)))))).))..)..))).))))))))))).........((((...))))))))))))))).))).)))))))))))))))).).)..))))))).))))))...((((.(((((((.((((((((((((.....)))))...((....((((((........))))))....))((((((((((((((.((((((((((((((..((....))..)))))...)))))).))).))))))))....))))))...((((.....))))(((((((.(((((((.......)))))))..)))).))).......))))))).))))))).)))).......(((.(((((((.((((..(((..((((((((((((.(((((((.....((..((((((((.((((..(....(.(((((((.((((..((.((((((.....(((((((((...((((....(.((((((.(((((((((((..((((((.....)))).)....)..)))..)))).)))).))))...)).)...))))...................))))).)))).....))))))))..)))).))))))).))..)))).).)))))))......(((((....)).))))).....)))).))).))))........))))))))........((((((...)))))).........((.(((..(((((((..((((((........))))))....)))....))))..))))).....))).)))).))))))).)))...)))))))))...))))))....(((((((((.((.......)).))))))))).....((..((.((......)).)).))......))))...((((((((.(((((((.............)))).))).)))))))).......((((((..(((((....(((((((((.(((((((................))))).)).)))))))))...)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({{{{{||{,,(((,((,((,((.((.((((((((,,,|||||,{|}}.}}.}).)),))),,,))})))),}))|{{|{(((({{.....|,|}}}}|{((,((({((,((,(((((,{({,{{,.{((((((...(((((..((((.{((,.{(((({.|,||(({{(((((.({{....,|)).)))))})}|||)))||||,((((..(((((.......)))))..)))).)))).))))..))))),))))))})),)))}}.}),}}}}}}}||,.,,((((((((({.((((.(((((((((.(((...(((.....)))..))))))))))))..)))).{|{{{{{{,((((,{((({(({.({{{{{{,.{{{,,{{{{||((((({.......(((((({((,((((((...(((((...))))).)))))).))).))))))....((((((((((.(.((......))).)))).))))))}}||||||}|}...,((((.{{,,{||,.|.||||}},||||||||,,,,}))|}})||,,{((({.......}}}}(((({((,{,...,,||..||||}||.|}||||||..{{,,(((((.((({{......)}.))).))))))}}||||||||,|||((((..,,)))}{|||||,,|||,{{{{,(((((.....))))),|,||{{{{{{....,,.{{......)))},,,.)),)))))|,||....|{||||||..{{||{|,.....,,.)))))),,|||}|})}|{{|,|}|)||||({(((..{,..,,.{|||||,,,|}}}}}}}}|}||}||||,,,{..}}||.}}}}||||..(((((.(....((((((.((((.((.(((....))))).))))...))).)))}.))))),((((((.....)))))))|,|..,{{||...{|,,||||,{((.,....}}}.}|||,,|||||}|||.||||,,,}}}}}}}}}}{{{,.....}))},))))||{..,{{{,,||..,|,...(((({{{.{((,,((({{(,,,.,|||}|{{,.||||{{{{,,,,,),)))))}),,.,,},,{{|||{|||}....,|||,,|||{||}|,|||,..|||....((,,(((((((((.(((.{,.....}}}...)))}}||||..}}.,.}|}.||}||||}}|{({{{{{{,||{.,,..,)))...}}}},}||{{,,..||||{{||||||||||.|,..((((((({(,((,.{{,|||,|||}}||,...,|||{|||||,,{,..{{((((...,..((((,((((({((((((.((...)).))))))..........{{|{|||,,||{.{{||||,,..{||||{{{({...{{{{{{{....,|||||||,,,,||||||((..,,,...{{(((((((((((,({,...,(({({,{({|,||{,|..,||||||{...,{|||,|....,|||{,|{{{{{{.||||||,,||||{....))).,.|||||||}|...}}}}}}}...((((........))))..,((((((((,{(({{,.}}},..,{||,,,...})}}))))))))||(({.....,||},||{{{{||,,||,,,|,))}}},))))})})))))}))}}...}}}}}}.))),.})))))),)).)))),)}))...,||}|{{{{{{.{{{{,..(((((((((.......))))))))),|||,||......||||{{{..,||}}}}),,,.}}..,,..,}}|||}||,,,{{{{{{..{{....,,,,{{(,,..||{,,.((((((((((((({(({.(((,,,,{(((((((((((,,,,{((((.....)))}|(((........))),....{(((((((((((((...(((((((({..,,,,||||}|}}}.,.}}}}|||,...(((.{{{,{|,|{{..,,|}|}},}}.}}}...,}})))))))))))))|{{(((.{{.((,({{{..((((((((..((((.....)))).)))))))))||||||{||{{,{.........,|||||,,{||{{....,||||}.||||,{,{{{{{(((({(,,,....,)))})}.}})),),},,)))))}|}|,..(((({.(((((({....})))))).))))){{|,..((({....}})}...|||,|}}}.}),)),)}}}}|....))))))).})))|(({....,}},...,,}}}.}.})))}.....,}))))))))))....}}..}}))))))))}.}))))}||{{,,..,}))}|||||}|||||||}}}}}|||},||,|,{|||||..{..{{{(((((.((((,,,{{,......,))).)))).)))))},))}})}},)).)))})))},))}},...,,{{{{,,,,},,})))))))))}}.}))}))))}})))))))|||.{{({.||{||||,,,}|}|,,,((((.(((((((.(((((({(((({...,.}))}),,,({,,,|{||,|||,,,,.,{||{||{{.{{.{{({(((((((((((.((((((((((((((..((....))..))))),..}))))).))).))))))||{{{(((.(,{.,.((((|...,)))).|..|,|.|||||||}..}}}})))))),,}))))}))}}......))))))).))))))).)))}....,,,,|,.{{{|{||,|{{,||,{{,,||||}|{||||..|||||||{|,|{{...{{{(((((.{{{{..|,,,,{,{{{{{|||||||..||,|||||{.....,||||||||,,.||{{...,|,|||||{.{{{{{{{{{{{,,|,{{,,.....))))}),,,,},,))),,||||,|}}}.}}},...}|,|,,,||||.,,.....,,,,,,,,...}}}}}.}}}}.,...)))))))).,))))}))},}}}}}}|||}||,|.||}||||{|{|,.(({{{.,,,,,.,})||,,,..|||},|},.||||{,..,,..,}}))))},...,..,|||{{|.,,})))))},.,.....,|,|.,,{(((({....,|}}}},...},.,||||},....)))},.,)))),,))))),..}),}}})}}}.}))))))})))}.}))))))))).,||||,||,,,.(((((((((.((,....,.)).))))))))),,|,,}}}}||.,,......}}.,,.|||....}))})}},|(((((((.{{({{((..,.,........)))),})}.)))))))}.......((((((..{((((....(((((((((.(((((({..,((({,...})}}}))))).)).)))))))))...)))))))))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000872.5 NCBI
GCACUCCGCAACUUCUGCCGCUGCCGCCCGGGCGCUCUCGGCGCAGCCG… 3369 nt 0.5049
NM_019859.4 NCBI
GCACUCCGCAACUUCUGCCGCUGCCGCCCGGGCGCUCUCGGCGCAGCCG… 3467 nt 0.5059
NM_019860.4 NCBI
GCACUCCGCAACUUCUGCCGCUGCCGCCCGGGCGCUCUCGGCGCAGCCG… 3374 nt 0.5047
Summary

The neurotransmitter, serotonin, is thought to play a role in various cognitive and behavioral functions. The serotonin receptor encoded by this gene belongs to the superfamily of G protein-coupled receptors and the gene is a candidate locus for involvement in autistic disorder and other neuropsychiatric disorders. Three splice variants have been identified which encode proteins that differ in the length of their carboxy terminal ends. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the HTR7 mRNA was significantly reduced by 75.8% in the prefrontal cortex of male mice exhibiting alcohol-heightened aggression compared to non-heightened controls [Chiavegatto et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2009.00544.X].