Basic Information
Symbol
ANAPC5
RNA class
mRNA
Alias
Anaphase Promoting Complex Subunit 5
APC5
Anaphase-Promoting Complex Subunit 5
Cyclosome Subunit 5
Location (GRCh38)
12:121308245-121399896
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
MANE select
Transcript ID
NM_016237.5
Sequence length
2574.0 nt
GC content
0.4926
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-866.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-915.01 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
749.47
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CAAGACCAGCCGGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACAAACAAUAC… | 2364 nt | 0.4772 | |
| GGUAGUGUUGUGCCUUGUGGUGACAACUGGCGGCAGCGCGCCGCGGGCC… | 2535 nt | 0.4919 | |
| GGUAGUGUUGUGCCUUGUGGUGACAACUGGCGGCAGCGCGCCGCGGGCC… | 2574 nt | 0.4926 |
Summary
This gene encodes a tetratricopeptide repeat-containing component of the anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C), a large E3 ubiquitin ligase that controls cell cycle progression by targeting a number of cell cycle regulators such as B-type cyclins for 26S proteasome-mediated degradation through ubiquitination. The encoded protein is required for the proper ubiquitination function of APC/C and for the interaction of APC/C with transcription coactivators. It also interacts with polyA binding protein and represses internal ribosome entry site-mediated translation. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. These differences cause translation initiation at a downstream AUG and result in a shorter protein (isoform b), compared to isoform a. [provided by RefSeq, Nov 2008]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ANAPC5 in microglia, as part of a broad disruption of the ubiquitin-mediated proteolysis pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].