Basic Information

Symbol
IFIT1
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Induced Protein With Tetratricopeptide Repeats 1 ISG56 Interferon-Induced 56 KDa Protein IFNAI1 G10P1 IFI56 Interferon-Induced Protein With Tetratricopeptide Repeats 1 Antiviral Innate Immune Response Effector IFIT1 GARG-16 IFI-56K IFIT-1 P56 Interferon, Alpha-Inducible Protein (MW 56kD) Interferon-Inducible MRNA 561 IFI-56 RNM561 C56
Location (GRCh38)
10:89392546-89406487
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001548.5
Sequence length
4302.0 nt
GC content
0.4184

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1151.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1233.91 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1134.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270927.2 NCBI
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCU… 4399 nt 0.4194
NM_001270928.2 NCBI
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCU… 4416 nt 0.4198
NM_001270929.2 NCBI
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCU… 4411 nt 0.4199
NM_001270930.2 NCBI
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCU… 4537 nt 0.4214
NM_001548.5 NCBI
AACUGAAAAUCCACAAGACAGAAUAGCCAGAUCUCAGAGGAGCCUGGCU… 4302 nt 0.4184
Summary

This gene encodes a protein containing tetratricopeptide repeats that was originally identified as induced upon treatment with interferon. The encoded protein may inhibit viral replication and translational initiation. This gene is located in a cluster on chromosome 10 with five other closely related genes. There is a pseudogene for this gene on chromosome 13. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Forensic Context

A study in human burn patients identified the IFIT1 as one of 19 center genes commonly differentially expressed in blood across early-stage, middle-stage, and control group comparisons, indicating its association with burn injury progression [Wu et al. DOI:10.007/s10753-018-0829-0]. In a separate human study on myocardial infarction, the IFIT1 was identified as one of the top ten upregulated differentially expressed genes in patient blood samples, classifying it as a potential biomarker for this condition [Zhao et al. DOI:10.3892/etm.2017.5580].