Basic Information

Symbol
IFNGR1
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Gamma Receptor 1 CD119 IFN-Gamma Receptor 1 IFN-Gamma-R-Alpha CD119 Antigen IFN-Gamma-R1 CDw119 IFNGR Interferon-Gamma Receptor Alpha Chain Interferon Gamma Receptor Alpha-Chain Immune Interferon Receptor 1 Antiviral Protein, Type 2 AVP, Type 2 IMD27A IMD27B
Location (GRCh38)
6:137197483-137219449
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000416.3
Sequence length
2074.0 nt
GC content
0.3944

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-537.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -582.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000416.3 NCBI
AGUGCUGGGCUGGUCCCGCAGGCGCUCGGGGUUGGAGCCAGCGACCGUC… 2074 nt 0.3944
NM_001363526.1 NCBI
AGGGAGGGAUCCGCCCCAGCCGGGAAGCCCCGCCCCGCUUCUCCGAGGU… 2256 nt 0.4007
NM_001363527.1 NCBI
AGGGAGGGAUCCGCCCCAGCCGGGAAGCCCCGCCCCGCUUCUCCGAGGU… 2457 nt 0.4107
Summary

This gene (IFNGR1) encodes the ligand-binding chain (alpha) of the gamma interferon receptor. Human interferon-gamma receptor is a heterodimer of IFNGR1 and IFNGR2. A genetic variation in IFNGR1 is associated with susceptibility to Helicobacter pylori infection. In addition, defects in IFNGR1 are a cause of mendelian susceptibility to mycobacterial disease, also known as familial disseminated atypical mycobacterial infection. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for IFNGR1 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the IFNGR1 was identified as a top 10 hub gene in a sepsis-associated immune module through Weighted Gene Co-Expression Network Analysis and protein-protein interaction analysis [Jiang et al. DOI:10.1038/s41435-024-00293-4]. In a mouse model of traumatic brain injury, spatial transcriptomics revealed that the IFNGR1 was uniquely upregulated in the corpus callosum-external capsule at 7 days post-injury [Kounelis-Wuillaume et al. DOI:10.1177/08977151251390528]. A study in rats demonstrated that polytrauma (osteotomy, chest trauma, and burn) significantly upregulated local mRNA expression of the IFNGR1 at the fracture site 24 hours post-trauma compared to osteotomy alone, indicating an altered early local immune response associated with delayed bone healing and systemic inflammation [Mangum et al. DOI:10.1186/s13018-019-1082-4].