Basic Information

Symbol
IFT122
RNA class
mRNA
Alias
Intraflagellar Transport 122 WDR140 SPG WDR10p CFAP80 FAP80 WDR10 Intraflagellar Transport Protein 122 Homolog WD Repeat-Containing Protein 140 WD Repeat-Containing Protein 10 WD Repeat Domain 10 Intraflagellar Transport 122 Homolog (Chlamydomonas) Intraflagellar Transport 122 Homolog CED1 CED
Location (GRCh38)
3:129429607-129520510
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_052989.3
Sequence length
4075.0 nt
GC content
0.5254

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1422.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1494.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1087.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_018262.4 NCBI
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCG… 3898 nt 0.5267
NM_052985.4 NCBI
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCG… 4228 nt 0.5234
NM_052989.3 NCBI
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCG… 4075 nt 0.5254
NM_052990.3 NCBI
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCG… 3745 nt 0.5308
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary

This gene encodes a member of the WD repeat protein family. WD repeats are minimally conserved regions of approximately 40 amino acids typically bracketed by gly-his and trp-asp (GH-WD), which may facilitate formation of heterotrimeric or multiprotein complexes. Members of this family are involved in a variety of cellular processes, including cell cycle progression, signal transduction, apoptosis, and gene regulation. This cytoplasmic protein contains seven WD repeats and an AF-2 domain which function by recruiting coregulatory molecules and in transcriptional activation. Mutations in this gene cause cranioectodermal dysplasia-1. A related pseudogene is located on chromosome 3. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2013]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that acute prenatal alcohol exposure induces rapid transcriptomic changes in the rostroventral neural tube, with the IFT122 gene being down-regulated (-0.25 Log2FC) 2 hours post-exposure and associated with diminished orbital separation [Boschen et al. DOI:10.1016/J.Alcohol.2022.09.001].