Basic Information

Symbol
IFT81
RNA class
mRNA
Alias
Intraflagellar Transport 81 CDV-1R CDV1 Carnitine Deficiency-Associated Protein Expressed In Ventricle 1 Intraflagellar Transport Protein 81 Homolog MGC4027 CDV-1 Carnitine Deficiency-Associated Gene Expressed In Ventricle 1 Carnitine Deficiency-Associated, Expressed In Ventricle 1 Intraflagellar Transport 81 Homolog (Chlamydomonas) SRTD19 CDV1R DV1
Location (GRCh38)
12:110124335-110218795
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014055.4
Sequence length
3124.0 nt
GC content
0.4001

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-839.01 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -893.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143779.2 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 2706 nt 0.3622
NM_001347946.2 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 2608 nt 0.3995
NM_001347947.2 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 2542 nt 0.3670
NM_001347948.2 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 2960 nt 0.4064
NM_014055.4 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 3124 nt 0.4001
NM_031473.4 NCBI
GUUGCCAAGGAGCUCGACUCUGGGAGCGGUCUAGAGCCCGGGCGCCUCC… 3026 nt 0.4336
Summary

The protein encoded by this gene, together with IFT74, forms a tubulin-binding module of intraflagellar transport complex B. This module is involved in transport of tubulin within the cilium, and the encoded protein is required for ciliogenesis. Mutations in this gene are a cause of short-rib polydactyly syndromes. [provided by RefSeq, Dec 2016]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the IFT81 is a highly connected member of a brain gene co-expression module associated with voluntary alcohol consumption [Saba et al. DOI:10.1111/Gbb.12698].