Basic Information

Symbol
ABCD2
RNA class
mRNA
Alias
ATP Binding Cassette Subfamily D Member 2 ALDRP ALDR ALDL1 ATP-Binding Cassette, Sub-Family D (ALD), Member 2 ATP-Binding Cassette Sub-Family D Member 2 Adrenoleukodystrophy-Related Protein Adrenoleukodystrophy-Like 1 HALDR EC 3.1.2.- EC 7.6.2.- ABC39 ALD1
Location (GRCh38)
12:39550033-39619803
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005164.4
Sequence length
6290.0 nt
GC content
0.3442

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1508.87 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1636.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1753.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((....))))))))))))))....(((((((.............(((....)))..(((((....((((((.(........)))))))...)))))......)))))))(((.((((((((..((..(((..(((.(((((..((((...))))((((((.((((.....(((.........((((((((....((((((..(((((..((.......))..)))))..))))))......(((((((.....)))))))..)))))))).........))).....))))..))))))...))))).)))..)))..)))))))))).......(((((((......))))))).........((((((.(((((((.((((.((.......(((((.....))))))).).))))))))))))))))............((((((((.(((((......)))))......((((......(((((((((((...((((((.(((((((((((.((((((((.....(((((((((...((((((..(((..((..(((......)))..))..)))..)))))))))))))....))..(((((((((((((((......(((((........)))))........((((((.((.((((((.....(((((.(((..((((.....(((.((((.((((((..((...((((((......(.((((((.(((.((((((..((((((((((..(((((((((....(((((((((((((.(((((.....)).))).))))))..(((((((((....)))))))))..)))))))..))))))(((((.((.(((((...........))))))).)))))..........(((((((.(((((((((((.((((...((((((..((((....))))....(((......)))....(((((....)))))(((((((((.......((((((((((......(((((....((((....(((...(((((((......((.....))..))))))).)))....))))..)))))((((((((.......))))))))))))))...))))...........(((((.....))))).....))))))))).((((((((.(((.((...............)).))).)))).))))......)))))))))).)))).)))))))..((((((((((((((((((((((((((.(((..(((((((((((......)))))).)))))))))))))))........)))))))))))....((.(....)))....))))))))...((((((.(((((((((((..((((.((......)).))))..)))........)))))))).))))))(((((......))))).))))))).....)))..))))))..))))...))))))..)))..)))))).)....))))))........)).)))))).)))).))).......(((...(((((....)))))))).((((((((((((.((((........)))).))))))))..))))(((((.((((....)))))))))........((((((((((.(((((..(((((....))))).)))))....(((((((.(.....).)))))))..((((..(((((.......)))))..)))).((((((((((.(((((((.((((..((((((((((.(((.((((...............)))))))))))..................)))))).....))))))))))).)))((.(((((..(((((((((.........)))))))))............((((.....))))..))))).))..((((((((..(....(((.(((((..............))))).))))..)))))))).......(((.(((......))).)))..)))))))............((((...))))(((((((((..........))))))))))))))))).))..))))))))))))....)))))).)).))))))...((.(((((((.((.......)).))))))).))......((((.........))))........(((.....)))..............))))))))))))))))))))))).))......(((.((((((....)))))).))).)))))))))............((((((........)))))).....(((((((((...(((.((..........)).)))...))))))))).....(((.(((((............((((.((((((...)))))).))))..((((((((((((((...((....((.((((.................)))).))....)).))))))))))))))...))))).)))......)))))).......(((((((((((...(((((((((.((((((((((((.((((((((.((.......................)).)))))))))))........))))))...)))))))).....))))....))))))))))).((((.(((((....(((((...)))))..(((((.((((((......)))))).))))).(((((((((......(((((..((((((((.((.((((((((((...(((((((((((((((.......)))))))).......((((.((.((((((((.....)).)))))).))))))(((((((((.....(((((((((.((.(((.((((((((....((((..((((.((((.((.......)))))).)))).(((((((((........)))))))))...))))....(((.((((..(((((.(((((...............))))).)))))...)))).))).(((((...)))))....)))).))))))).)))))))))))..............(((((((..............)))))))((((((((...((((.........)))).....)))).))))))))))))).........((((.........))))......)))))))........)))))))))).))..)).)))))).)))))....)))))))))..((((((...((((((..((((((...((((..(((.(((((..(((((((.(((((.......(((((((..........((((..(((((..............)))))..)))).((((((((........((((((((.(((((((((((((((.........(((((((((((((...........((((((((((((((((.(((((.((....))..))))).........((((((.(((((((.(((((((((((((............)))..)))))))))).....(((.(((.(((((((............(((((.(((.(((...((((..(((...((((((((.(((((.......(((((((((((((((....((....(((((........(((.......(((((((((((((((.....((.....(((....))).(((((.((((...(((((((.........)))))))...)))).))))).......(((..((((((((..((((((..........((((..((.......))..))))..((((((((((.(((((((......)))))))))))).)))))....((..(((.((((.(((....)))..))))))).)).(((....))))))))).))))))))..)))....((((((((.((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(.((((....)))).).)))))..))))))......))))))))))))).)))))..)))))).))))))))))))...))......)))).))))).)))))).......)))))))).))...)))))..)))))))))).)))))))))))))...)))..))))...))).))).)))))........)))))))))).)))......(((((((.......................)))))))..((((((((..........)))))))).((((((....)))))))).))))).))))))..............................)))))))))...))))))).....((((....)))).....))))))..)))))))(((.(((.(((((.(((.........((((((((((((.............((((((.((((.(((((((((.......(((.(((...(((((((((((.(((((.....(((((.....((((.((((((..(((((((((...((((......)))).)))))))))))))))..))))))))).....)))))..))))))......))))).))).))).....(..((((.....))))..)((((((((...((....))..))))))))................(((.((((......)))).))).....))))))))).)))).))))))))))))))))))...(((((((((((..(((......((((((...(((.......)))(((((.....)))))...(((((...((((....))))..)))))...........)))))).((((.....))))..............)))..)).))))))))).......)))))))).))).))).))))))))...))))))).............)))))))).((((.....))))..))))))))..(((((((((((.....................(((((((.........)))))))...(((((.(((((((...))))))))))))....(((((((..((((((((........)))))))).......((((((((.(((....(((.(((((((((.........))))))))).))).....)))))))))))((((.(((.((..((((......((.((((((((((((.((((.(((((((((.............................................)))))).))).))))..((((((((.(((((((((((((((........)))))))....))))))))...(((.(((......)))))).(((((.....))))).......((((((((......))))))))...(((((((((.(((((((((.....)))))))))............)))))))))))))))))))))))))))))...))))))..)).))).))))...............))))))).....)))))))))))((((((((((((..........))))).)))))))............(((((....)))))(((((....)))))...((((((.(((((((((..(((((((((((..(((((..........)))))..)).)))))).)))((((..(((((.((((((((((((.((((....)))).)))).....))))))))...)))))...))))((((((.((((((((((((((...((((((((....)).))))))((((((((.(((((((...))))))).......(((...))).......))))))))....))))))))...)))))).)))))).....(((...)))......(((((.........)))))......))))))))).)))))))))))))......)))))..)).)))))..)))))))).))))....))))))....)))))).))))))..........)))))..))))...(((((........)))))............)))))))))))....(((((.((((..((((..((((((((((((.............)))))).))))))..))))..)))).)))))((((((.(((....))).....)))))).......(((((((.......)))))))...)))).......(((((...(((.....)))....)))))))))))))..(((((((...))))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((....))))))))))))))....{{((((,.............(((....|}|..,,(((,...((((((.(........})))))),..}))))......|||||||((({((((((((..((..({({{(({.{{(((..{{{{,,,))},((((((.((((.....(((.....,,..((((((((....((((((..(((((..((.......))..)))))..))))))......(((((((.....)))))))..)))))))).},......))).....))))..))))))...}}}}},}}},.}}}..))))}))}}}.......(((((((......))))))).,,,,....((((((.(((((((.((({.{{.,,....(((((.....)))))}),).)))))))))))))))).....,,,{,,,{(({,,{,.(((((......)))))......{{,(,{((((((...,(((({,.,,{||||....}}}}|||{||{{.{{{,,{{,....|||||{,,.|||{{|}}|||}.({.,(((,,....}}}.,|}..}||,,|||||}..}|||(({{{.,,{|||{,{{{,,,,......,..{((((........))))|{{{{({((((,,.({({.{{,{|{...,|||||,.(((((((((,...(((...,|}}.,||{|....|||,{{|,{,{{{,((((..,,..{(({(({,,...,{{{,{{{{......}}|}||,...,,,||||||||||,(((((.....)).))).}}}},,..(((((((((....)))))))))...,}})))),))}})))))}}}}},{||||...........}))}}),,,.}|{||||{{{,({{{(((.(((.,,,,((({{,,,,,,(({((,(,..((((,...}}||...||||.||}||||,,,..|||||}}}}},{|((,,,..|}||......(((.{{{........,,,))}.....}})))))).)}..{{{.{{{{...,,,|}}}.})},,{,((((((((((((.....(((((..((({(({{.....,{|||||}},((((((((({.,,.....{({{.....)))}..,{((({....}))))|{{{,.((((((((.(((.((...............)).))).)))).))))....(((((((.((.{.((((.((((.((((((,,((((((((((((((((((((((.(({.,(((((((((((......)))))).)))))))))))))))........)))))))))))....((.{....})).,,.))))))))).)))).))))..}.)).))))))).}}))}.........)))))))))).....,}}}})}...}...,,.}}}))))).....)))))))))))).,|},|,||,}||||}|}}||}|}|.....}}})}.,,,...,||||,,(((((({.((({......)))).}..)})))},}}.}}|||}},|||||,,.,))))).}},|||.|||{{(((,({{{....,...}}||,||||||||..{((((((....|}))))}.....{(((((((((({.(((((..,..(((((..(((((....})))}.)))))....{{{{{((.{,....).))))))}....)))}).....)))))))))))}.}})}||||{||,{((.(((((((.((((..(((((({(((,((,{((((...............)))))}},}}},.,..........,}},.)))))).....))))))))))).))){(.(((((..(((((((((.,,....,,))))))))).,.....,....((((.....))))..))))).)),,((((((((..{....(((.(((((..............))))).)))}..)))))))).}}},.}|||,{||.,...})))})),})}))))},..,||,....,|||||...))))||{|{||||..........||||||||}||{{|||},},.......{{(((((.,{|||||||{.{{{.((((((,...{((((((,((.{....},)}))))))))))))).{{((.,.......}}))||{{{{{...{{{.....}}},,,,{,,,.....,}))})))))))).)))))))}}}||{{{,,..(((.((((((....)))))).))).,,,,))))}............((((((........))))))....,(((((((((...(((.{(.......,..)}.)))...))))))))),..,}}))))))||}}..........{(((.((((((...)))))).)))){|{(((((((((((((..{((....,,.((((.................)))).}}.}}},,.))))))))))))))}..))))).},,......,,,)))}})}.}})))))),,,,|,.,,|,|{{{{,{({{{(({{((((.((((((({.((.,,....,,.......}...},.)).}))))))))))},,,.,}}}}||||,..})})))))..{{||,,,|||{.,|||||{{{{{(.||,{{{{{|||.,{(({...}}}||,,(((((.((((((,....,)))))).))))).(((((((({.,{{..(((((..((((((((.{{.((((((((((...((({((,((((((((.......)))))))).......(({({((.((((((((.....))},))))).)))))},{{{(((((,..,,(({({(({(,,..,||},|,|||}|},|,||,...||||.{{{{.{,.....,,}}})))|}|||.({(((((((........))))))))}...{(({{{{{{{(,{{{,..,{{({.(({((.............,,))))).}}}}}...}|||,}||,,,{,{{.{{||,,,|||||}|,,|,,,|,,,,,||||}||}......||||||,.,|||||,.,..,,|||||,,,,,..,,,}||},,||},,.,,,......{{{|,,||,...,,,||||}},},,}))}},,{{|,|,{((({{,....,...,},...}}}))))})),,,,....}))))))))).}}..)},}))))).)))))..}})))))))))..((((((...((((((,.((((((...((((..(((.(((((..(((((((.(((((...{{..(((((((..........{{{{.,((({(..........,}),})))).{|{||{((({({,.{{{.{{{{...{{{......(((({(({,,,..,(((,(,((((((((((((((.......,,..((((((((((((((((.((((,.((,...||..,}},,.,}}.}}}}((((({.(((((({.(((((((((((((............)))..)))))))))).,{,.(((.((({(((((((.........{{,({(((.(((.(((...((((..(((...((((((({.{((((.......(((((((((((((((.,{,((,..,(,,,{...,,,,.(((...,..{(((((((((((((((.....,,.....(((....})).(((((.((((...(((((({.{,,...,}))))))).,.)))).))))).....,.{((..((((((((..(((({,..,,,,,,..{{{|,,|{,,.....}},.}}}}..((((((((((,(((((((......)))))))))))).))))).,|,{{..{{|{((((.,{{....,,.,,))))))).}){(((....))))))))).))))))))..}}},},.((((((((.((((.(((((((((((((((((({{((((((((((((((((.(.((((....)))).).)))))..))))))......))))))))))))).)))))..)))))).))))))))))))...}}......)))).))))).))))))}}.,,..))),,},,.})...))))),,}))))))))).))))}))))))))...)))..))))...))).))).)))))))......)))))))))).))).,},..(((((((.....................,.)))))))..((((((((..,....,..)))))))).((((((....)))))))),})))).})))))..............................)))))))))...))))))}.....((((....)))).....))))))..))))))))||||{{.|{{{{{{,.....,,,,.((((((((((((.............((((((.((((.(((((((((.......,{,.,{,...,,.,,,,{{{{.{{{{{..,,,((,{{,{,..{{{,.((((((..(((((((((...((((......)))).))))))))))))))).,||||,,|||{{,,.||},|,,,}},,,.,,...}))}||}}}.})},....,..{(((.....}))),,,((((((((...,{....))..}))))))).},,,,,,.}}}},..{{(.{{{{......)))).))).....))))))))).)))).))))))))))))))))))...{(({(((((((.......)))))||,,|}},,((..,,,,,|}|{|(({,{{(,||{{{,({((({{,.,((((,,,,|}||{{{|,,,.{{,...,,||}))}.}.((((.....))))..........{{,,,..{{{{,||,,..,},}}}}}|||,,|||||...,,|||{,||||},,,,,,(((({((((({(((.(({((((,.....((((.....}))}.,,}}}}..,,,.))))).)).)))}.))))).,))))......(((((((.,,....},)))))))...{{{({..,|||}}...(((.(((((((({{..((((((((((((((((({..,{...||||||,....}}}}|(((((((.(((....(((.(((((((((.........))))))))).))).....)))))))))),.,{,..,,,}}}||,||..||}}||{(.{(.,...}}.}}}}..||||..}}}}}}...)))))))).)))}..}),}}}))))))))..,,....,.,}))}},,})}})))|,|}}}})))}}|(((((((((,{{|}},,,,}})))))))},,}))))))))}})))))).,...}},.....}}|},||}.}}})))))}}}}{{{((((((((......)))))))).)}},{{,,,.,,{((((((((.....))))))))},,,..,{.{(({{{|,||,,,{||...}))},.)).)))))}}...})))),}))}}}})))}...(((((((((......,{{,,,.{{{|,{({((({{((((((((({,,,}}}}.....))))),)))}})},.})}}})))))(((((....)))))....)))))))))....((((((.(((((((((.,(((((((((((..(((((..........)))))..))},))))).))}{(((..(((((.((((((((((((.(({,....,})}.)))).....)))))))).,,)}}}},..))),((((((.((((((((((((((..,((((((((....)),})))),,((((((,.(((((((...))))))).....}}}})}.{|{|.,.....}}}))))}.,..))))))))...)))))).))))))..,..(({...)))......{((((.........}))))......))))))))).))))))}))))))..},..)))))..)).)))))..)))))))).))))....)))))).}..)))))).))))))..,.......}}}}}.........(((((........))))).,,,...........})))))},||||,||||.,,||}},((({{{{(((({((((({{(({{...,,..||,|||..,,,,)}},}}}..,)))}))))),..))))}}}})))},,.,...{{|,|{,,,,,..{{{{{{{.......}}}}}},...,,,,,))))))),},}.,.,,},}}}}}|||,..,}))}||||}}}|,.,{{{|||,..)))))))}}),}},....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001412788.1 NCBI
AGAUGCAGCGGAGUCUGAGCUCUGCUGCAUCUGUCACAGCAGAACAAAA… 5453 nt 0.3717
NM_001412789.1 NCBI
AGAUGCAGCGGAGUCUGAGCUCUGCUGCAUCUGUCACAGCAGAACAAAA… 6164 nt 0.3425
NM_001412790.1 NCBI
AGAUGCAGCGGAGUCUGAGCUCUGCUGCAUCUGUCACAGCAGAACAAAA… 5386 nt 0.3721
NM_001412791.1 NCBI
AGAUGCAGCGGAGUCUGAGCUCUGCUGCAUCUGUCACAGCAGAACAAAA… 5993 nt 0.3412
NM_001412793.1 NCBI
AUAAAUCAUGUUUGGCUUCAAAAGAAGCUGGAUUGGGGGAAUUAUACUG… 5030 nt 0.3181
NM_005164.4 NCBI
AGAUGCAGCGGAGUCUGAGCUCUGCUGCAUCUGUCACAGCAGAACAAAA… 6290 nt 0.3442
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intra-cellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the ALD subfamily, which is involved in peroxisomal import of fatty acids and/or fatty acyl-CoAs in the organelle. All known peroxisomal ABC transporters are half transporters which require a partner half transporter molecule to form a functional homodimeric or heterodimeric transporter. The function of this peroxisomal membrane protein is unknown; however this protein is speculated to function as a dimerization partner of ABCD1 and/or other peroxisomal ABC transporters. Mutations in this gene have been observed in patients with adrenoleukodystrophy, a severe demyelinating disease. This gene has been identified as a candidate for a modifier gene, accounting for the extreme variation among adrenoleukodystrophy phenotypes. This gene is also a candidate for a complement group of Zellweger syndrome, a genetically heterogeneous disorder of peroxisomal biogenesis. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition, where the ABCD2 was included as one of 69 candidate mRNA markers [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230]. In the final penalised regression model, the ABCD2 contributed a non-zero coefficient specifically in the cosine component, indicating its diurnal expression pattern was utilized for time prediction [Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287].