Basic Information

Symbol
IL7R
RNA class
mRNA
Alias
Interleukin 7 Receptor CDw127 Interleukin-7 Receptor Subunit Alpha IL-7Ralpha IL7Ralpha Lnc-IL7R SIL-7R CD127 IL7RA Soluble Interleukin-7 Receptor IL-7 Receptor Subunit Alpha IL-7R Subunit Alpha CD127 Antigen IL-7R-Alpha Interleukin 7 Receptor Alpha Chain IMD104 IL-7RA ILRA
Location (GRCh38)
5:35852695-35879603
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002185.5
Sequence length
4584.0 nt
GC content
0.4125

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1276.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1363.87 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1144.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((.(((.((((((((..(((((((.(((((((........((.....))....((((((.((..(((.((.((((((((.(((((.((((((((.(..(((((((((((((((((((((((..............))))))))).)))))))).))))).)..)))))))))(((((.((..(((((....(((...((((((((....(((.(((((((((((.((........)).))))).((((.(((....((((.((((.((((........(((...)))........)))).))))..))))))).))))..(((.(((((...)))))..))).......(((((((((.((........))...((((.((....)).))))((((.....((((((((((((((........)))))))).........((((....(((((...(((((.......((((((((....(((((..(....)..)))))))))))))..)))))..)))))....)))).....))))))))))....)))))))))....(((((..((((.((((((((((.((....))....(((((((..((.(((....))).))..)))))))......))))).))).)).))))...))))))))))).)))......))))))))....)))...))))).((((((...(((((.....((.(((((((((...((((((..........))))))..))))))))).))...))))).))))))(((((((...)))))))........)).)))))..(((......)))))))).))))..(((((((((((((((((.(((..(((((...((((((..(((........)))((((..((..(........)..))..)))).(((....)))..(((((((................)).))))))))))).....)))))..))).((((((((((((.(((((.((((((((.((((((..(((..((((..((((((((((.....((((((((((.........(((..((((.....))))..))).))))))))))))))))....))))..)))).((((((((.((((.((..((((((....)))))).))))))))).))))))))..))))))..))))))))((((((((((.((((..(((((((.(((((((.((((....))))...))))))).))..))))))))).))))))))))((((....)))).((((.(((((((((.............(((........((((((((......(((..((........))..)))((((((((.(((.((..((.(((((((((.(((((((...)))....(((((((((((....)))))...)))))).......)))).))))))..........))).))..)).))).))))))))..............(((((.(.((((.....)))).))))))........))))))))........)))..............))))).))))...))))......(((((((..((((.....)))))))).)))(((((...)))))...(((((...)))))))))).))))))))))))))).))).)))))))))))..........................)))))).)))..)).))))))...))))))).))).)))))))))))).))).)).))).((((((((........................(((((((....)))))))((((.........)))).(((((..(((...((((((((....((((..(((.((.((((((......))..)))))).))).))))............(((((((((((((((.(((((........((((.(.(((((....))))).)...))))(((((((((((((((((((((((((........((((((((((.((......)))))))..))))))).))))))))))))))))(((((.((((........((((.(....).)))).......)))))).)))......(((((..(((((((((...)))))))))..)))))(((((.............)))))..((((((...((......)).....))))))........))))))).......................)))))))))))))))))..)))..((((((..(((((((((((((((...(((((((...((((((((..((.((((((((((...(((.(((((....((((((((.....)))))))))))))))).(((((((((..(((((((...................)))))))(((((((((((((.((((.(((.((((((((((.....(((((....((((((((.(...((((.((......)).)))).).)))))..(((((.((((((((.(((.((((.((.....)))))).))).))).)))))..)))))........(((((((((........(((..((((..(((((((((((((....((((((..((((((((.(((((.((((((.((.((((...((((((...((((((((.(..((((..((..(((((.......)))))......((((((((((...(((..((((((.....((((......)))).....(((((.......))))))))))).)))...))))))....))))..((((((((......((((((...((((..........))))((((...))))......))).)))))))))))......)).))))..)))))))))))))))....)))).))..)))))).))).)).))))))))....((((..........))))................((((((((((((((((...)))).))))))))))))))))))...))))).))))).))).)))).)))........).)))))))))))........)))))......(((..(((((((.((...(((((........)))))..))))))))).)))...((((........)))).)))))))).......((((((((....((((((((((.(((((((((((..........))))))))((((((((....(((..((......))..)))..))))))))..((((((...(((.....)))...).)))))..))))))))))............))))))))))).(((..........))).........)).))).)))))))))).)))))))..........(((((......)))))..))))).)))).....(((((((((...)))))))))...............(((((....)))))(((((((((((.(((((.(((((((((((.((.(.((((((...((((((((..(((((..((.((..(((((((......(..((((((((..((((((......))))))..))....))))))..)..(((((((...(((..(((.((.(((((....((((((........))))))....))))).)).)))....)))...)))..)))))))))))..))))..)).)))..((((.((.((((((((.((..(((.(((((..(((((((....(((((((((((((((.(.....).))))))).................(((....)))((((.(((((.(((...((..(((((((....))))).))..))....))).))))).).)))......))))))))..((((((((...........))))))))...(((((((((((((....)))).....)))))))))..)))))))((((..(((((.....)))))..))))....(((....(((((..((((..((((((..........))))))....))))..)))))....))).....))))).)))...)).)))))))))).)))).....))))))))....))..)))).))).))))))......(((((...))).))))))).))))).)))..)))))).))...))))))))..)).))..))))))))..)))))))....(((((.(((.((((.......)))).))).))))).)))))))))).(((((((((((((....)))))))))))))((((((....))))))((.((((..(.((((((((..((((((((..((.......))..))))))))..)))))))).)..)))).)).))))).))))))........((((((.....)))))).(((((...)))))...(((((.......)))))..............)))))))))))..)))))....((((((...)))))).....)).))))))..................))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.((.(((.((((((((..(((((((.(((((((........{(.....,,,...((((((.((..(((.((.((((((((.(((((.,(((((((.{..{(((((((((((({,{{{((((,{,,{..,.......))))))))).}))))))).))))).}..,)))))))|(((((.({..((((({{..,,|.,.((((((((....(((.((((({(((((.((........)).))))).((((.(((....((((.((((.(((({{{..,..(({...}))...})),.}))).))))..))))))).))))..{((.(((((...)))))..})}.......({{{{{{{(,((,.,.,,..||..,{|{{.{,.,,,},.,.,.((((.....((((((((((((((........)))))))).........,{{{....(((((.,.(((((.......((((((((....(((((..(....)..)))))))))))))..))))).,)))))....}}},.....))))))))))....}})))}})),..||||||..{{{{.|||{{{((((.((....}}....(((((((..((.(((....))).))..))))))).,,...}}))),.}}.)).)))}..,})))))))))).)))......))))))))....}}},.,|||||,((((((...(((((.....({.(((((((((...((((((..........))))))..))))))))).})...))))).))))))|,{{|||,,,,,}}})}.....,,,}).)))))}.(((......)))))))).))))..(((((((((((((((((.(((..(((((...((((((..(((........)))((((..((..(........)..))..)))).{{{....}}}..((((({{,.,.....,,,.....)).))))))))))).....)))))..))).((((((((((((.((((({,{,...||..((.(((,,((.(((((..(((((,,(((.......{{{{{(((,({..{{,,,,,..}))}}),,}),}}|},,{((((((({{(,(({(,,.,,,,.))}}.|||.((((((((.((((.((..((((((....)))))).)))))))))))}))).}}|{{,((({{{{...|||.((((((((((.((((..((((({(,(((((((.((((....))))...))))))).))..))))))))).))))))))))((((....))))}}}}))}.}))}.,......,,||,..,}),)))))))},{{{{{{(,{,...|||,.,,.......,|,...,,((((((((.(((,((..{{{(((((((((.((((,,,...,,,..{,(((((((((((....)))))...)))))).......)))).)))))}.,)))}.....}.,))..}}.))).))))))))..............(((({,(.((((.....)))).))))))........}))))))}........))))))))))))).}}..,)))))..{{{{{,,......(((({(((..((((.....)))))))}.)))),,,.....))))}..{((({...)))))))))).)))))))))))))))}}))}}}))))))))).,........................)))))).)))..)).))))))...))))))).)))}}))))))))))).))).}).)}}.{(({{{((,.......................{({({{,..,,}}}}}},((((.,....,,.)))).(((({..(({.,,(({{{{{|||,.{{({..{{{.{{.((({({......,|..}))|)).}}|,}}},......,..({.(((((((((((((((.(((((...,,....,,,..,(({{{..,.,}}}},},,.}||((((((({(((((((((((((((({,.......{((((((((((.((......)))))))..))))))}.))))))))))))))))(((,{.((((..,,,,..((((.,....).)))),}.,,..))))),.)))......(((((..(((((((((...)))))))))..)))))(((((.............)))))..((((((...{{,.....}}.,...))))))........}))))))}..,.........,,........))))))))))))))))).}))),}|{{{{,..,,||{((((((((((,,.(((((((...((((((((..{(,((((((((((...(({((((((,...{(((((((.....))))))))))))))}}.,{(((((((,{(((((({.......,..........,))))))}(((((((((((((.((((.(((.((((((((((.....{{{{{.,.....(((((.{...((((.{{......}).)))).}.)))))..(((((.((((((((.(((.((((.((.....)))))).))).})).)))))..)))))........,((({((((,...,,,,{{(..((((,,{{({{{{{|||||,...|{|{{{..{{||||{|.{{(((.((((((.((.{{{{...|{{{||,..{|{|||{{.|..{{{{,,.({{(((((.......)))),.,,,..|{{||(((({,,,{{{..(((((({.|{{((((|{,,..}}}}}}},.,||||.......))}}))))))}.|}},,.})))))}},,|||...(((({{{,...,,{(({{(({{{({,,...,,,,{{{},},((((,,,||}}.,,,..}}|,||}}}))))|},,,,..,|,||||,,,||}}}}}||}}}}}....}}}}.))..)))))).))).)).))))))))....||{,...,,,,,..}}}}.|,....,,.......{(((((((((((((({...))))}})))))))))))))}})}...))))),))}}),))),))))}))),,,...,}),))}}))})||||...,,,.||||}.,....(((..(((((((.{{...(((((........)))))..})))))))).)))...((((........)))).}))))}}|.......((((((({..{((((((((({,.({{{(((((((,{.......,)))))))|((((((({..,.(((..((......))..))).,)))))))),.((((({...(((.....)))...)}}))))..}))|)))))},,|........,,}})))))))}.(((..........}}}.........}}.})).))))))))))}},)))}}..,,,,..,.,{{{,.,,||.|}}}|..))))).}}}|,....(((((((((...)))))))))....,,,,.......(((((....)))))(((((((((((.{{{((,((((({.{{.||||||}{{{...,,.||||||,|,.{{(({,{((,((,.{{{((({..,{.,{,.{(((((((..{(((((......)))))).,})....)))))}.,,,}||{{{{|,,,|||..{{|,{{.,{{||},.,{{||||,,....,,))))))},,,|}|||,}},}},..,,|}}...))),.,}}},|||},,..)))}..,}}}}}..{{||,||,|||(((((,({.,{...,{{||..{(((((({,,.{(((((({(((((((.{.....}.))))))).......,,......,.(((....||},{((.(((({.(((...||..{{{(({|....))))).))..)}}...))).))))).),))),,.}}})))))))}..((((((((......,,,..)))}}}}}...{{(((((((((((....)))).....)))))))))))),))))){{{(..(((((.....)))))..}))),...|||,,,.(((((..((((..((((((..........)))))}....))))..)))))....},,.....}}))),}},...)),)))))))),}.}})).,,...,,,,,,,.}}}},..||||,}}}..}}},...,.}})|)}},,.}),}})))))),))}}).)))..)))))).))},.))))))))}))}.}}..))))))))..))))))).,,|(((((.(((.((((.......)))).))).))))).)))))))))}.(((((((((((({....}))))))))))))((((((....)))))),{.{{{{.,|.|||||||{,,|||{{{{{..((,,....,}|{{||,,,}))}})})))))),}..)))),))})))}}.}}}}},........((((((.....)))))).{{{{{...))))}...{((({.......})))),,,,,,,.,,,,,.}))))}))}||,,|}}},.,,,|||{{{,..))}))),....||,|}}}}}..........}}}},...))))....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001410734.1 NCBI
CUUCCUCCCUCCCUCCCUUCCUCUUACUCUCAUUCAUUUCAUACACACU… 4490 nt 0.4125
NM_002185.5 NCBI
CUUCCUCCCUCCCUCCCUUCCUCUUACUCUCAUUCAUUUCAUACACACU… 4584 nt 0.4125
Summary

The protein encoded by this gene is a receptor for interleukin 7 (IL7). The function of this receptor requires the interleukin 2 receptor, gamma chain (IL2RG), which is a common gamma chain shared by the receptors of various cytokines, including interleukins 2, 4, 7, 9, and 15. This protein has been shown to play a critical role in V(D)J recombination during lymphocyte development. Defects in this gene may be associated with severe combined immunodeficiency (SCID). Alternatively spliced transcript variants have been found. [provided by RefSeq, Dec 2015] CIViC Summary for IL7R Gene

Forensic Context

A study in human datasets identified the IL7R as a marker for manual annotation of T cell clusters in a carotid atherosclerosis single-cell RNA sequencing dataset [Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559]. A study in humans identified 1316 differentially expressed circulating long noncoding RNAs (lncRNAs) in sepsis patients versus healthy volunteers via microarray and qRT-PCR validation [Dai et al. DOI:10.089/gtmb.2017.0061].