Basic Information

Symbol
IMP4
RNA class
mRNA
Alias
IMP U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein 4 BXDC4 U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein Protein IMP4 Brix Domain-Containing Protein 4 U3 SnoRNP Protein IMP4 MGC19606 IMP4, U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein, Homolog (Yeast) IMP4, U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein, Homolog IMP4 Homolog, U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein U3 Small Nucleolar Ribonucleoprotein IMP4 U3 SnoRNP Protein 4 Homolog
Location (GRCh38)
2:130342403-130347967
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033416.3
Sequence length
2411.0 nt
GC content
0.5176

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-796.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -838.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 619.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320304.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2405 nt 0.5177
NM_001320305.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2357 nt 0.5176
NM_001320306.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2424 nt 0.5165
NM_001320307.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGGUAGGAGAAU… 2451 nt 0.5165
NM_001320309.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGGUAGGAGAAU… 2561 nt 0.5264
NM_001320310.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGGUAGGAGAAU… 2438 nt 0.5176
NM_001320311.2 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGGUAGGAGAAU… 2429 nt 0.5175
NM_001371725.1 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2495 nt 0.5218
NM_001371726.1 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2459 nt 0.5222
NM_001371728.1 NCBI
AGAUUCUCCCGGACCCACGUGGAAGCGGCACUCAAGAUGCUGCGCCGCG… 2408 nt 0.5174
Showing 1 to 10 of 16 entries
Summary

The protein encoded by this gene, along with IMP3 and MPP10, is part of the 60-80S U3 small nucleolar ribonucleoprotein (U3 snoRNP) complex. This complex is necessary for the early cleavage steps of pre-18S ribosomal RNA processing. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2016]

Forensic Context

A study in humans performing RNA sequencing on post-mortem tissues from sepsis patients identified the IMP4 as part of the metabolism of RNA pathway, where it was found to be upregulated in the colon during sepsis [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].