Basic Information

Symbol
INPP5D
RNA class
mRNA
Alias
Inositol Polyphosphate-5-Phosphatase D Hp51CN SHIP1 SHIP SH2 Domain-Containing Inositol 5'-Phosphatase 1 Phosphatidylinositol 3,4,5-Trisphosphate 5-Phosphatase 1 Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate 5-Phosphatase Inositol Polyphosphate-5-Phosphatase, 145kDa Inositol Polyphosphate-5-Phosphatase, 145kD P150Ship SIP-145 SHIP-1 Signaling Inositol Polyphosphate 5 Phosphatase SIP-145 Signaling Inositol Polyphosphate Phosphatase SHIP II Inositol Polyphosphate-5-Phosphatase Of 145 KDa SH2 Domain-Containing Inositol Phosphatase 1 EC 3.1.3.86 EC 3.1.3.56 EC 3.1.3.36 EC 3.1.3.N1 EC 3.1.3
Location (GRCh38)
2:233059967-233207903
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001017915.3
Sequence length
4902.0 nt
GC content
0.5626

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1801.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1888.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1455.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((..(....)..)))))))(((((((..(((((((.(((((.....((((((........))))))(((((((((((((((((.((((.(((....)))))..)).)))..)))))).....(((((((((......)).)))))))..)))))))).((((((.(((...((.((((((...((((...(((((((..(((((....(((((........))))).....)))))((((((.(((((...))))).......((((((..((........))..))))))(((...((((.((((.....))).).)))))))....((((((.((.....)).).))))).....(((((((((((((..((.((((..(.....)..)))).))))))))))((((..(((.((((..((((((((.((......)).)).)))))).((((((((((((((.(((((........)))))(((....)))..(((((((...((((.(((.....(((((.(((..(((((((.((((((..((((((((..(((((....)))))...(((.((...........)))))..))))))))......(((((.((((((.........)).))))...))))))))))))))..))))(((((..((....))))))).......))).))))).......((((((((..((....))..))))))))..((((.(((.((....)).))))))).........(((((((.(((.(((((.(((((.(((.....)))..))...))).)))))))).)))))))))).))))....))))))).....((((....))))...))))))))....((((..(((....(((((....)))).).....)))..))))...((((....)))))))))).)))).)))...))))..((((..((((((((.((((((((........(((((((.(((((((((...(((.(((..(((((((.(....(((.....(((((((...)))))))...)))).)))))))..)))(((..(((((((...((..(((((..((((((.(((..(((..(((..(((..((((((..(((...(((((...(((..(((.....)))..)))...)))))((..(((.((((((((.((..((.........((((.....))))(((((((.......)))))))...(((......)))....(((....))).(((((.((.((...(((...........)))..)).)).)))))))..)).)))))))).)))..)))))...))))))..((((...))))(((((....(((((((((.....)))))).)))...)))))..((((.((.((((((.....))))))..))...))))......((((.((((((.((((((((..(.((.(.((((..((.....((((((..(((......)))..))))))..........((.(((((((((((........))))((((.(..((((...((((...))))...))))..).))))((((((((..((((.....(((..(((......)))..)))....))))....))))).))).....))))))).)))).)))).))).)..)))))))).))))))..))))((((((.....)))))))))..)))))))))))))))....)))))..))...)))))))..)))................((((((..((((((((.((.(((((...((((((((((............)))))..)))))............((((((((((.......((.(.((((((....((..(((((((((((.......................((((((.(..((..((((.....))))...))..)..)))))).......(((.(((.(((((...(((((((.(........)))))))).......))))))))..)))..((((((..(((((.((((.((((.....((.(((.(..((((((((....(((((((.((..((.((.((((.(((((.((.(.(((...)))).)))))))..........(((((..((((((((((((......))))).))))).)).)))))...))))))))..)).)))))))))))).....)))..).))).))....)))))))).)))))..))))))((((..((.(((....)))))..)))).......)))))))))))))....)))))).).))......))))))))))((((((.((.(.(((((.....))))).)..))))))))))))).)).)))))))))))))).........))).))))))))).)))))))(((..(((.((((((.((((((.....((...(((((((.(((((..(((((((...((((.((.........(((((.........((((..((((.((((......((((((((.((((((......)))))).(((.((((((...(((...((....))...)))....)))))).)))..)))))))).)))).))))..))))....))))).......))))))....)))))))..))).)).(((....(..((((.((((((....))))))))))..)..))))))))))...)).....)))))).))))))))))))((((((((......)))))..))).....))))))))...))))))))))))))))).....(((.....)))..((((......))))..((((((((...))))).)))))))))((((.......)))).))))))).))))...))))))))...)))))))))..))))).)))))))((((((((......(((((((((((((((.....((.(((.((((.(((..(((.....))).........................((..((((....((((..((((.(((((((.(((.((.((....)))).))).)))))))......((((.(....).))))....))))..))))..))))..)).....))).)))).))).)))))))))).))))))).))).)))))..........(((((((((((((((.....(((.((((....(((((((((((((.(((((((.((((.((...))))))..(((((((.((((.((.((..(......)..)).)).))))...)))))))((((((.((((......)))).).)))))((((((.(((((((..(.((.........)))))))).)).))))))))))))).((((((((..((((.((....(((....))).)))))).(((......)))((((((((((((((((.....((((.....))))..((((.((((((((((((.(((((((((...(((((....)))))..)))....((((((.(((((((......)))))))))..))))((((.....))))..(((((.(((((...((((...((.((((...(((...(((((((((((.(((((..(((.(((...(((((...)))))...)))(((((((......))))))).((((((...((.((..((((.....)))...)..)))))))))))))..))))).))))))))))))))..)))))).))))..))))).)))))....((..(((((((((((((((((((((((((((.((.....)))))))...((((((((...))))))))(((((.........(.((.((((((.(........).)))))))).)))))).(((((((((((((.((....)))))))).....)))))))(((((((.(((...((..(....)..))..))).))))))).........(((((....)))))...........)))))))))).((((.((.((.(((((((..(((((((......))))))).((((....))))))))))).))))...))))))))).)))))))..))................((.((((((((.(((...))))))).).))).)).))))))......(((((..(((....(((((..((........)))))))..))))))))(((((((.(.((..(((((..(((((.......)))))..)))))..)).).)))))))...(((...(((((...)))))...)))..)))))....(((.(((((.(((((((((((((......))).)).))))))))((.(((((((.((((((.........))))))..(((((...)))))((((((((..((((((.(((.......))).))).))).)))))))).....(((((.((....)).))))).......))))))).))...))))).)))..(((.((((........)))).))).......)))..))))))))(((((...(((((.(((....))).)))))....)))))))))))))))))))))...))))))))..................)))))...)))))))).......((((.(((((........)))))..)))))))).))))))))))))(((((((......)))))))(((.......))).))))))......((((....((.((..(((((((.(((((((.......)))))))..........))))))).))))....)))))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(((((((..(....)..)))))))(((((({.,(((((((.(((((..,.,((((((.....,},))})}}(((((,(((((((((((.((((.(((....)))))..)),})}},})))))))))}||((((({(,.....)),}))))||..,},||,}}.(((((,,(((.,.((.((((((...{{((...(({{{((,{((({(,,,,{{(((,{,,{{{.|}|||.....)))}}{|||{{,(((({...))))),|||,.,{{{{{{.,{{,,.,...,}},.}|||||(((...((((.((((.....))).).))))))}}...((((((.((.....)).)}})))).....(((((((((((((..{(.((((,.(.....}.})))).))))))))))((((..(((.({{{..((((((((.((......)).)).)))))),{{{(({((((((((,(((((........)))))(((.,..)}}..(((((((...{,{{.,,{.....(((((.(((..(((((((.((((((..((((((((..{((((....))))}...(((.((...........)))))..)))))))}......(((((,((((((.........)).)))).,,})))))))))))))..)))){{(({..((....}}}}))}.......))).)))))..,....((((((((..,,{....}||)))))))).,(((({(((.,,....))})),})))......,,,(((((({.(({((((((,((((,.(((.....))).,)}},,},,.}))))}))}))))))||||.,,,),,,.))))))).....(({{....)))).}.}))))))).}}.|(((||{{|....,||{|....,)))}),,,..))),,))}}..,{{{{,...,,))))))}}.}}}}.|}},,.}}}}..((((,,(((((((({((((((((.{{.,,,.(((((((,({((((({{,{,({,.,(({{((,,,||}}}}.,((({{{{,(((((((...)))))))...,.||{|||||,|..,,},||}}|{|||((...{(..{{,,,..|,,((({.,(({,{{.}||{.}|||..((((({..(((...(((((.,.(((..(((.....)))..)))...})))){{..(((.((((((((.((.{((...,.....((((.....}))}{({{{{|,,...,.)))))}),,.{{{,....,}}}}}..(((....))).(((((.((.((...(({,{........})))..)).)).)))))))}.)).)))))))).)))..)))))...})))))..((({...}}}}{{{{{||,.,|,,{{{{{,{{{{{|||||{|{{{{..,,)).}||||.,|,|{||||}}},,)))))|{,,,...}))}.,.,,.((((.((((((.((((((((..(.((.{{(({(,.,{..,..((((((..(((.....,)))..)))))),,.,......{(.(((((((((((........)))}((((.(..((((...((((...))))...))))..).)))){{{(((((..((((.....(((..(((......)))..)))....))))....))))).)))....,))))))).}}.},,))).})).)..)))))))).))))))..))))((((((.....))))))|||,.,,,,},})))))|||,,,.|}|}}..}|...}}}}||,..,,},.........,,....{(((((..{(((((((.((,(((({...((((((((((............)))))..))))).,...,,.....((((((((((..,,,..((.(.((((((....((..(((((((((((..,.....,,.....,.......{(((((.(,.((..((((.....)))),..})..}..)))))).......(((.(((.(((((.,,(((((((.(.......}})))))))...,...))))))))..))).{((((((,.(((((.((((.((((.....{(,(((.{..{,,((,{,..,,(((((((.((..((.{.{((((.(((((.((.(.(((...)))).)})))))........,.(((((,.({((((((((((......))))).))))),}).))))).}.)))))}))..)}.)))))))||}|}.....,,),})}))).))....)))))))).))))),.))))))|(((..((.(((....)))))..)))}...,,..)))))))))))))....)))))).).))...,}}))))))))))((((((.((.(,(((((.....))))).),.))))))))}}})}.)).)))))))})))))}..,,..}..))}.))))))))).))))))){{|,.{.{(((((((.((((((.....((...(((((((.{((((,.(((((((...{(((,,{...|{....,,{{{.,||||....,{{,.((((.{{((,,,...((((((((.((((((......))))),.(((.((((((...(((...((....))...)))....)))))).)))..)))))))}.)))).}}}}...))}}},,)))))......)))))))....))))))),.))).}}.(((....|{{{(((.((((((....)))))))))),.,..))))))))))...)).....)))))).)))))))),,,,((((((((......)))))..))),,,..)))))}}},}|})))))))))))))))).....||,.....,},,{((((......)))).}|(((((((...))))).))}},)))}||||}}}.},,)),|.))))))),))))..,)))))))).|.)))))))))..))))).)))))))..||,{|{|{{{{{((||({({(({,((({{...(({....}})..}}}})(((..,..))).{(((({{(({....{{,,,..,,,,....,,,....,{((|{(({{,(((((((.(((.((.((....)))).))).)))))))..|,..((((.(....).)))).,|,||,},.))))..{|{|,..{{{{{{{{{{||,,.|{{{{..,.{{{{{{||||.((((.({{((((((...,,....,|....)))))))})))).}}}}|,,.....,{{|.||,.}}...{{((((({(((({{{...})|||,,{(((((((.((((.((.{({{......})}.}).)).))))...)))))))|{{|||{((((..,,.,|)}},}.))})}{{|{|||{,,,,,|.,|}||,....,..}))))}))),))}))))})))))))).((((((((..(((,,(({,..{{{...,)},.)))))).(((....,.))){(((((((((((((((.....((((.....))))..{{(,,((((((,(((((.((((((,,({..{((((,{,,|||||,.||}....(((({(.(((((((......)))))))}}..))))((((.....))))..,,,,{.((((,...||{{...||,{{||..,|||,|.(((((((((((.(((({||{({.(((...(((((...)))))...}}}(((((((......))))))).{{({{|,|.|||||..,(((.....)))...|{.|||,}}}}}))),},))))).)))))))))))})},.))})}},}})),,}))}),))))},}},||,.,(((((,,((,,,,||,,|||||{{{(.{(,,,,.}}}}))),..((((((((...))))))))|||||......,,{({(({(({{{{{({{,.....,.}}||||||{{|,||,.({({,,,||{,|}.||}},,))))))||,{,..,,}||||(((((((.,,....}|},,}}..)}}))..,,},)))||||...,,,...,,,,.....|||||....,,.,..,||||||||||.,,,,....||}||,||,|}}|((((((......))))))|.,(((....||}||}},,},,))))...)))|||||}..}))))).,)),,,,....,,,,}}}}}|,{((.{{{,.|||,...,,))))})))))})}.))))))......{{{{(..(((..{.(((((.,({.....,,.},))))).})))))))}(((((((.(.((..,((((..(((((.......)))))..))))}..)).).))))))).{.(((...(((({...}))))...))).,))))).,..(((.(((((.(((((((((((((......)))}}),}))))))}{{.(((((((.((((((.,,....}.))))))..(((((...)))))((((((((..((((({.(((.......))).))),})).))))))))..,,,(((((.((....)).))))).......))))))).}}...))))).)))..(((.((((........)))).)))..,,...|}}}.})))))})(((((...(((((.(((....))).)))))..,.))))))))))))))))))))}...)))))))).....})))))....)))))..)}}))).),)))))))))){{{{.{((((.,......)))))..)))))))))))))),,||{,{(((((((......)))))))),})}}.,..))))))},,,....}))}}}}}.|,||||,.|||||{,.(((((((.......)))))))....,}},..)))))}}.,,,.......,})))))))........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001017915.3 NCBI
AGUUAAGCUGGUGGCAGCAGCCGAGGCCACCAAGAGGCAACGGGCGGCA… 4902 nt 0.5626
NM_005541.5 NCBI
AGUUAAGCUGGUGGCAGCAGCCGAGGCCACCAAGAGGCAACGGGCGGCA… 4899 nt 0.5628
Summary

This gene is a member of the inositol polyphosphate-5-phosphatase (INPP5) family and encodes a protein with an N-terminal SH2 domain, an inositol phosphatase domain, and two C-terminal protein interaction domains. Expression of this protein is restricted to hematopoietic cells where its movement from the cytosol to the plasma membrane is mediated by tyrosine phosphorylation. At the plasma membrane, the protein hydrolyzes the 5' phosphate from phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate and inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate, thereby affecting multiple signaling pathways. The protein is also partly localized to the nucleus, where it may be involved in nuclear inositol phosphate signaling processes. Overall, the protein functions as a negative regulator of myeloid cell proliferation and survival. Mutations in this gene are associated with defects and cancers of the immune system. Deficiencies in the encoded protein, SHIP1, have been associated with Inflammatory Bowel Disease types such as Crohn's Disease and Ulcerative Colitis. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2020]

Forensic Context

A study in humans using integrative machine learning on multi-level molecular data from monozygotic twin pairs identified that the INPP5D exhibited lower methylation in heavier twins with lower consumption of sucrose and vitamin D, associating it with dietary factors within an epigenetic component [Kibble et al. DOI:10.1098/rsos.200872].