Basic Information

Symbol
IPCEF1
RNA class
mRNA
Alias
Interaction Protein For Cytohesin Exchange Factors 1 KIAA0403 PIP3-E Interactor Protein For Cytohesin Exchange Factors 1 Phosphoinositide-Binding Protein PIP3-E Interaction Protein For Cytohesin Exchange Factors 1 Interaction Protein For Cytohesin Exchange Factors 1 Phosphoinositide Binding Protein PIP3-E PIP3E
Location (GRCh38)
6:154154496-154356803
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001130700.2
Sequence length
6842.0 nt
GC content
0.4144

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1920.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2057.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1833.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130699.2 NCBI
ACAUGUAGUCUUCUCACUUUCUUCUUGCCAUGAGACUGAGAGAGUGCUC… 6845 nt 0.4158
NM_001130700.2 NCBI
AGUUCUGGGUUGACUGAGUUUCCAGAGCUGAGGCUGCUUUAAGUAGAAU… 6842 nt 0.4144
NM_001394799.1 NCBI
AGUUCUGGGUUGACUGAGUUUCCAGAGCUGAGGCUGCUUUAAGUAGAAU… 6910 nt 0.4156
NM_001394800.1 NCBI
ACUUCUGCUUUCCAUCCAGCUUGGAGGCUCUGCAGUGUGAGCUGAUAAU… 6784 nt 0.4142
NM_001394801.1 NCBI
ACUUCUGCUUUCCAUCCAGCUUGGAGGCUCUGCAGUGUGAGCUGAUAAU… 6858 nt 0.4154
NM_001394802.1 NCBI
ACUUCUGCUUUCCAUCCAGCUUGGAGGCUCUGCAGUGUGAGCUGAUAAU… 6781 nt 0.4141
NM_015553.3 NCBI
AGUUCUGGGUUGACUGAGUUUCCAGAGCUGAGGCUGCUUUAAGUAGAAU… 6839 nt 0.4142
Summary

Predicted to enable peroxidase activity. Predicted to be involved in response to oxidative stress. Predicted to be located in cytoplasm and plasma membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human postmortem nucleus accumbens tissue from subjects with alcohol dependence identified the IPCEF1 as a target mRNA within a significant circRNA-miRNA-mRNA interaction network, where it was positively correlated with circRNA-406742 and negatively correlated with miR-1200 [Vornholt et al. DOI:10.1111/Adb.13071].