Basic Information

Symbol
IRAG1
RNA class
mRNA
Alias
Inositol 1,4,5-Triphosphate Receptor Associated 1 JAW1L IRAG MRVI1 Inositol 1,4,5-Trisphosphate Receptor-Associated CGMP Kinase Substrate Murine Retrovirus Integration Site 1 Homolog IP3R-Associated CGMP Kinase Substrate JAW1-Related Protein MRVI1 Inositol 1,4,5-Triphosphate Receptor-Associated CGMP Kinase Substrate Inositol 1,4,5-Triphosphate-Associated CGMP Kinase Substrate Protein MRVI1
Location (GRCh38)
11:10573091-10693988
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130385.4
Sequence length
6129.0 nt
GC content
0.5117

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2109.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2220.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1559.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..((((....(((((((((..(((((((((((((....))))))))..))))).....((((((((((((.(((((.(((((.(((....((...(((((((((.((.(((.(((((((.....)))))))))).)).......(((......)))...(((((((...(.((.....(((((((((((((((((((..(((.....)))..)))..(((((((((((..((((((.((((.((((((((.(((((....((((((((.....(((((....((((..((((.....))))...))))))))).........((((((((((((((.((.(((..(((...(((((.........))))))))((((((.((((((...)))))).))))))........((((((((.((.((((..(((((((......))).)))).)))).))............(((.....))).((((((((....((...(((((.....((((..(....)..))))......)))))..))....))))))))...(((((((.((((((((((.((((......(((((((((((...((..(.((((....))))....)..)).....))))))..))))).....)))).)))))))).)).)).........)))))))))))))....))).))(((.((((..((((((((.(.(((.((((((((.......(((((...(((.(((((((...........))))..((((((.....((((..(((......)))..))))..))).)))((((...(((((((((((..(((....)))...))))..))))))).))))(((((...(((.((.......)).)))....)))))....))).))).)))))..))))))))..)))...).)))....))))).))))..))))))))))))))))))))).))))...)))))..))))).)))............(((.........))).(((.........))).......)))))))))).))))(((((...)))))(((((((.....(((........)))..((((((((((((((((....(.(((((((.......((((((.....((((((((.((((..((((((((((....((((......)))).))))).))).))))))))))))))..)))))).....))))))).)....)).))))))))..))))))((((.......)))).....)))))))(((((((((((.(((....))).))))).....))))))..((((..(......).))))...(((.(((.....)))..)))...(((((...))))).(((((....((.((((((((((..(((((((.....)))))))......((((((((....((((((((((.(((((((((.((.....)).))))(((((((((((((((((....))))).....(((((.....)))))....((((((((((...((((((........).)))))((((((((.((...((((....)))).(((((..((((((.((..((((((((((((((((.....))))))((((((..(((.......((.((((((((((.(((((((((.((((((...((((......)))).....))))(((.(((..((....))..))).)))...))))))))))).((((((.((((..(((....)))..))))...(((((...))))).....((((((((...((((.....((((((.((((((((((((((((((((((((((......(((..((((((......((((..(((.(((..((....))..))))))...))))............((((((....(((((((((.(((((...((..((((.(((.(((.((.((((...)))).)).))).)))))))..)).)))))..)))).)))))...))))))))))))..))).(((.((((.((((((.((...((((.((((((........))))))(((((...(((((((.....(((.(((..((((.......((((..(((((((((((((....)).)))))......)))))).))))...((.(((((..((.(((..........))).))..))))).))((((((((..(....)..)))..))))).))))...)))..))).))))))).)))))...........))))..........(((((....(((.((((.((...((((((.....(((......)))..))))))...)).))))....)))...))))).((((((.(((((..(((..(((.((((((((......(((((.(((((((((((((...((((((((((((((((((((.((.((..(((((((.(((.......((....)).....(((((.....)))))......(((((.(((((((.(((((.((.((((.......((.(((..((((.((((..((((....))))..........(((....(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((.((...)).))))).))))).................(((((.((((((((((.(((.....))).))).......))))))).))))))))))).)).)))))))....)))))....))).(((.(((((((((...((.(((....((..((.((((((.(((((((.((.(((..(((.((((((......)))))).)))..).)).)).)))....))))))).)))...))..))....))).))..)))))))))..)))))))))))..))).)))))))).............(((...(((((....))))))))..)).)))..))))))).))))).))).)))))))..)))).))).)))...((((.(((.(((.....((((...(((((.(((...))).)))))....)))).....))).))).)))).(((.(((((.......)))))))).....((((......))))..))))))))).((((((((.....))))))))...)))))....))))))..))))))).))))).)))))))))))..((((((((((((((.((((((.(((((.....))))))))))))))))))).........(((((((..(((......)))..))).))))......((((.(((..(((((......((((((...))))))(((((((((((((......((((.....(((.((((((((....((.(((..(((....(((((((((.(((((((....))))))))))).)))))....)))..))).))....)))))))).)))....))))...)))))))))))))................(((((((((((....(((((((....((((((((......))))))))(((....)))((((((..((............))..)))))).)))))))....))))).....))))))..((((.(((.((((.......((((((..(((((((..(((....)))..((((((((.(((........((((((((....(((.........((((....((((((((...(((((.(((((....))))))))))......))))....))))...)))))))...))))))))..........))).))))..))))........)))))))))))))...((((((..(((((((((....(((((((....((((((((((((....)))))).))))))((((.((((....))))...))))....(((((((...)))))))..((((((.((((((((....)))))))).))))))..........))))))))))))))))..))))))...((((.((((..((((((((((((((..((((.......)))).)))))))))).(((((((.((..((((.((.(((((((((((((((.(((..(((((.(((((.((((.((((((.......))..))))..))))..((((((..(((((.((.((.((((............)))))).))..))))).))))))((........)).....(((((..((((.((......))))))..)))))..))))).))))).))))))......))))))......)))))).)).))))..)).).)))))).))))..)))).)))).....)))).))))))))))))..)))))))......((((....(((.(((.(((.....))).))))))......))))....)))))).((((((......)))))).))).))))).)))))).......)).)))))))))).)))(((....)))....)))))))))))).))).))))))))))).....))))))(((((.........))))).........))))((((..((((.((((((((((..((((((((..(((.((((((......(((((((((((((..........((((((....)))))).............((((((.(........).)))))).....))))))).))))))...........(((((((((.......((((((.......))))))(((((.....)))))))))).))))..))))))..)).)..)))))))).)))))))(((((((((..........))).)))))).))).))))))))..))))))))))))))((((...((.....))...))))...))))).))))).))........))))))))))))))..)))))(((...((((..(((((.(((.((((.....)))).)))..))))).))))..)))....((((.((((..(((.(((((((((((..(((.(((..(((((((((..((((((((......(((.(((((((.((((((((........)).))))))))))))).))).....................((((((....((((((((..((.......((((......((((....)))).......))))))..))))))))(((((((.........))))))))))))).....))))))))........))))))))).....))).)))..)))))......((.......))..........)))))).)))..)))).))))............)).))))))..)))))..((((((..........))))))))..)))))))))))))))))).....))))))...)))))).....))))).)))))..)))))..))))))))..((((((..(((((.((....))..)))))))))))..........)))))))))))).)))))...)))))))((((..((.((((................)))).))..))))....((((.((.((....))((((((.....(((((...........))))).....))))))..))))))..)))))))))..........)))))))....)).))))))))((((((.....)))))).((((((((.((..((((((((((......((((.(((((((((.((..((((.(........).))))..))))).)))))).)))).....))))).)))))..)).....))))))))...((((((.(.(((((((.((((...)))).))).........))))).))))))))))))))).))...))).))))).)).)))..(((.(((...........))).)))))))))..).)))))...(((((..((((..(((.((((((...((((((....((((.....))))....)))))).)))))))))))))..))))))))).)))))...))))..))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((..((((....(((((((((..(((((((((((((....)))))))},.)))))..,...,,(((((((...)))).))).,},(((.(((((((.(((((,,({{{{.{({.(((((((.....)))))))}}}.},....,,.(((......)))....((((....))))...(((((((((((((.(((.,(((,.(((.....)))..))))..))).)))...)))}}))))))((((..((((((((((((.,((.((((.(((((.((((...{(((((..((((.....((.((((.((.(({(,(........).)).)).))))))}),.)))).))))).}...)))).)))))))))..)}((((((.((((((...)))))).)))))),.{{{...{((({{{{.||,((((..(((((((.....,|||.}}}).)))}.},.........,,,(((.....))).|||{{{{|,,..|,...{{{((,,.,,(((({{({{,....))))}}...,|||||,,||,...||||||,}.},||||({({{,((({{{{{.((((...,.,||{(((({{{{...,|,,|.{{||,,.,)))).,..,..,...,,,}||||,,,}}}}}.},..)))).))))))))),)}}}...,,,|..|||}}}))))))),..,,,,.}}},)))))))))))))))).,.,,.)))))......))))))).)))(((((((({{{.,,...{{{{({,((((((((.((....{{{{.(((((..(((((((,..((,{(,{.{,.{(((((...(((((((((((..(((....}},,,.))),.}))))))).))))},},,,.,..)})},,,.))))))){(({{...,.,......))))}.(((,......}}),,.....((.((({......}))).}),((((((((.((((((.((((((...((({.,.,{((....,,}})}.},,,...{{{{{.(({,.....,,.....{{{|,,....,,}}}.,,.,..,....||((...(({(((((......))})),))).....|||}{||,....,,.}}}},,|))}|,.,|}|||,{{{{((({....,,)}))))}}......((((((((.((((..((((((((((....((((......)))).)))))))}).))))))))))))))..,.,((((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((....)))).)))))),,.(((((,,{(((((((((.(((....))).))))}.....))))))))))...,,........)))))))))))((((...{.((((.((((((((((....((((((,........}.)))))).(((..(((((((.....)))))))...)))((((((((....((((((((((.(((({((((.{(,....)).))))(((((((((((((((((....))))).....{((((.....))))|,,,.,(((((((((...((((((........).)))))((((((((.((...,{((....)))}.(((((..((((((.((..((((((((((((((((.....))))))((((((..(((.......{,.((((((((((.(((((({{{.||((((.,.((((......))))...,.)))){{{.(((..((....))..))).|||,,{||||}}|||||.((((((.((((..(((....)))..))))...(((((...))))).....((((((((...(({{.....{||{{{,(((({{((({{((((({{{((({(((,,..,.,,,..{{|||||.,.,.{{||,,|{|||{|,,||.,,,||..}}}}}}...((,...,,..,,....((((((....(((((((((.(((((...((..((((.(((.(((,((.((((...)))),)).))).)))))))..)).)))))..)))).)))))...))))))|||||},.}||,{{{.{,,({((((,.,{{...(((({{(((((.{,,{{,.|||}||(((((.,{(((({,,.....{{({(((..((((,......(((((.{{.|||||{{{||,,,.,,,|||||{({{.{{,{((({,{{(,..{{,((({{..{{.|||,.......,,))}.)},}))))).}||||,||||}}||||,,,.,{{,,..,|}.}}}}.},}}|,,||}.,}}|||},}}}||....,,,.,{,||||{,,.,,,,{,{{{{,||,.....((((.((...((((((.....(((......)))..))))))...)).))))....}|}...,}}},.{(({{|.|{|{,,,|},..{({{.,{(((({{,{{{{,,.{{{((((.({....)))))))})}))))}).,..}))),}|||||||||{,...,{|{...,,.)))},))))....,(((((...{,||}}}......}}}}.,|||||{{{|{|{{((((((,,{{,((({{(((((((((({{,{{{{,(((({..{||||,,..,,{{{{(,{({({(((((.(((({{(,((,.,(((((.((((((((((.((...)).))))).)))))..,.,.,,....,{{,,{{{{,{{{{||{||((.(((.....))).)))})})}}.))))),}}}}),,}|||||{||{}|||||}....|||||.,.,{|,,..||{|{{|.,((((({{(((((.({(((..,.||||,,{(((((({,((,(((.,(({,(({(({{,,,||,}}})},))),.),}),)).}||,,,.}}}}}))|))|.,{{{{.,.{{{..((.((((((((((((...((.(((,{(((((({.,,,,((((((((...(((((((((,,,.(((((.,..,}}}}|||((((.((((((......})).))).)))}...........,}})}||,.{{{({,|{....,}}.,.)}}}),).)))))))))))))).)))............(((((({......|)))).}}.{(({(.......)))),{{{{||....}}.}}))}|||{{(((((((({((((((.....))).))).,))))},.........)))))..)))))))),)))))..)))))))))))),||{,|||{|||||}{(((((.(((((.....))))))))))}}}}))))}}}}|}.,,||||||,|||||,....{{|||{.||,.,..,....}}||||{((((..(((.,(((({((((((...)))))|(((((((((((((......{{{,.....{({.((((((((...,{,,(((..{{{....(((((((((.(((((((....)))))))))))}}))))....,},..,,,.,},...)))))))).})},,..,}}),..)))))))))))))|.,......,......(((((((((((....(((((((....((((((((......))))))))(((....)))((((((,.{(............))).)))))).)))))))....))))).....))))))..{{{((((({........((((((((({,(((((((((((((...({{....)}}...))},))))))))))))..)))))))((({....,,,...,|...,,,.|)))}}.{((((.(((((....))))))))))}}))),,)))..)))))|||{},,,.)))),.........}}}}.}}},}))})),,...)))}}....{||||,.,))))}.....((((((..(((((((((....(((((((...{((((((((((((....))))))}})))))|(((.((((....))))...))),....(((((((...))))))),,((((((.((((((({....}))))))).))))))...,......))))))))))))))))..))))))....,,,,}}}}}.{{{{((((((((((..((((.......)))).)))))))))).(((((({,{(..((((.((.(((((((((((((((.{((,.(((((.(((((((.,,{(,,,,,...,,.,(((....{(((((,......,,.}})))}...}}}|,||,,,.}))},,,...,{{||,|,,..,,,},},,}}}})}..,.....,......,,,,..((((.((......))))))..}}}})},})))).))))).)))))}......))))))......)))))).)).)))),.}}.).)))))),)))){{{|||{||}{{|.,.}))).)},})))))))},||,},)))))}...,|||}}}}||,.{{|,|||,.,,,|||,}}},,,..,}}})))},...}},.))}}|,|||}},}}})))})))}}}}})))).))}})}.,,....))})))))))),},,}}|||,.}})))},,.}}}))}}}}}}),,)),))))))))))),,,,,))))))|((((.........))))),,.......}}}}|||||},{{|,||||||||{{..||||||||,,|||,||{{{||,....(((((((((((({..........,(((((....)))))|..........,,.((({{{.{........,.)))))).....)))))))}}})))).....,|,,,.,,{{{|{{,,,,,....{{{{,.,.{{{{|||||((((((.....)))))))),,....))})))))}.,}}.},,}))))))),))))}||(((((((((..........)))}}}))))})))})))))}}}..)))))))))))))){||{,|,{{.,,,,)},},))))}..)))))}})))).}}........))))))))))))))..))))){((,{,((((,,(((((.{({.{{{{.....)))),)))}.))))}.}}}}.,}||....((((.((((..(((.(((((((((((..{((.(((..(((((((((..((((((((......{((.(((((((.(((((({({{...,,})}.))))))))))))).))}....,............|,..((((((....((((((((..{{.....,.((((......((({....}))).......))))})..))))))))(((((((.........))))))))))))).....))))))))........))))))))).....))).))),,)))))......({.......})..........)))))).)))..)))).))))..,,........)).))))))..)))))..{{((({..,,,.....}}))))})..)))))))))))))))))),,,..)))))),..,))))).....})))).))))),.}))))..))))))))..))))))).))).}))).,))))..)))))))))............(((((.(((....))).)))))...))}}}))))))......}}}}.}}}}}...,..)))))).)))))}...((((.{{.((....))((((((.....(((((...........))))).....))))))..}})))).{((((.((....)).))))))))))))).....))))).||||(((({...}})))))},((((((((.((,.((((((((((...,..((({.(((((((((.((..((((.{........).))))..))))).)))))).)))).,,..))))).))))).,)).....)))))))).,{((((((.(,{((((((.((((...)))).))).......,,)}))}.))))))}.(((((.......)))))..}).)))))))),(((.(((.........,.))).))))))})))))))))))...(((((..((((..(((.((((((...((((((.,..((((.....))))..),}))))).)))))))))))))..))))))))).)))))...))))..))...........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098579.3 NCBI
GCCGGCUCUCACUGUGGCUUGUGGCUCCGGGAAAUGGAACCCAGCUUGG… 6008 nt 0.5100
NM_001100163.3 NCBI
GCCAUUAUCCCCCGAGCCAGGCCGGAGUGGGGCUCCCAGAGGAGCUCUC… 6076 nt 0.5082
NM_001100167.3 NCBI
AGUUUUAGGUAAGCCUCCCCUAUAUCCUAGAAUAACCUGCCUCUUCGGC… 5995 nt 0.5093
NM_001206880.2 NCBI
GCCAUUAUCCCCCGAGCCAGGCCGGAGUGGGGCUCCCAGAGGAGCUCUC… 5511 nt 0.5006
NM_001206881.2 NCBI
GCCAUUAUCCCCCGAGCCAGGCCGGAGUGGGGCUCCCAGAGGAGCUCUC… 5918 nt 0.5056
NM_130385.4 NCBI
GCCAUUAUCCCCCGAGCCAGGCCGGAGUGGGGCUCCCAGAGGAGCUCUC… 6129 nt 0.5117
Summary

This gene is similar to a putative mouse tumor suppressor gene (Mrvi1) that is frequently disrupted by mouse AIDS-related virus (MRV). The encoded protein, which is found in the membrane of the endoplasmic reticulum, is similar to Jaw1, a lymphoid-restricted protein whose expression is down-regulated during lymphoid differentiation. This protein is a substrate of cGMP-dependent kinase-1 (PKG1) that can function as a regulator of IP3-induced calcium release. Studies in mouse suggest that MRV integration at Mrvi1 induces myeloid leukemia by altering the expression of a gene important for myeloid cell growth and/or differentiation, and thus this gene may function as a myeloid leukemia tumor suppressor gene. Several alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene, and alternative translation start sites, including a non-AUG (CUG) start site, are used. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the IRAG1 was identified as one of 16 overlapping RNA transcripts in blood, selected by both LASSO and XGBoost machine learning models for the early prediction of multiple organ failure [Duran et al. DOI:10.1186/s13613-024-01364-5].