Basic Information

Symbol
IRAK1
RNA class
mRNA
Alias
Interleukin 1 Receptor Associated Kinase 1 IRAK Pelle Interleukin-1 Receptor-Associated Kinase 1 EC 2.7.11.1 Pelle Homolog EC 2.7.11 IRAK-1
Location (GRCh38)
X:154010504-154019927
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001569.4
Sequence length
3581.0 nt
GC content
0.6266

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1632.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1687.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 987.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((.(.(((((((((.((((((((..((((.(.(((.((((.((((......)))).)))).))).).)))).)))(((((((..(((((((.((((...(((((((((((.........))))))).)))).(((((((......)))))))..)))).))))))))))))))((........))(((.((((.(((......)))...)))))))...(((.((((.((.(((.((((..(((.(((.....)))))))))).))).)).)))).)))..))))).).)))).)))).))))).))....((((((..(((..((.(((((((((((((.....((.((.......))))....)))))))((((.((((((..(((((((.(((((((.(((((((((.(......((((....))))).)))))((((((((.(((((((.((.(((((.(((..(((((...(((((((((.((((((.((((((((((((..(((((......(((((....(((((((...((.....)).))))))).((((.((((((((..((((.(((((((.((((((..(((((..(((....((((...(((((((....((((..((((((((.((((..(((.......)))..))))((((((.(((((((((((..(((.(((((..((((......(((...)))......))))))))).)))))))).))))))))))))))))))))((((((((((.................))))))))))........))))..))))))).))))...))).))))))))))).))))))).))))...)))).)))).))))))))).((((((((..(((.(((.......)))(((((.(((((.(((((((((...(((((((((.((((((((((((.((((...(((((...(((((((.(((((((((((.(....(((((....(((........))).....)))))....).))).))...)))))).)))...)))).)))))....))))..))))))))).)))...((((((((((((.((((((...............)).)))))))))..)))))))...((((...))))...(((((((((((((((((...........)))))).)))).....)))))))......((((.((((.((.......)).)))).))))((((((((((..(((((((...............(((((.((.((((....)))).)))))))..)))))))..))))).))))).((((......))))))).))))))...)).)))))))))))).)..))))...))).)))))))).))))).)))))))))))))))((.((((((((((.(......))))))).)))).)).((((((((((..((((((((((((((.((((((.(((((((................((.((((..(((((((((((((((.((.(....).)).))))))))))))))))))).))((((((.((((((((((((...(((.((..((((....)))).)).))).))))).....))))......))).)))))).))))))).)))))))))))))))).(((.(((((((..((...(((((((((((((((..((...(((((.(((((((.((((((((............(((((((((....)))))))))((((...))))......))))))))(((((..((((.(((((...(((((((((((.....((((((........))).).))...)).)))))))))))))).))))...)))))((((((....)))).))((((..((((((.((..(((...)))..)).))..))))..)))))))))))..)))))..))..)).)))))))..(((((((.(((.((((((.((((..(((.(((((((....(((((((.((((..((((.(((((((.((((..((.....((((((....(((.....)))..))))))......)))))).))).)))).))))((((........))))))))..))))))).)))).))).)))..)))))))))).)))........(((....)))....((((........)))).((((......)))).)))))))....((((((...((((.((((..((..(((.((.(((((.....)).)))..)).)))..))..).)))...))))...)))))).(.((((....)))).)))))))....))..)))))))))))))).)))))).)))).(((((.((.((((((.((...)).)))))))))))))))).))))))))).....)))))))).)).(((.....)))))).)).)))....)))).))))))))...(((......))).)))).)).))))).(((((.(.(((((((((((.(((((((((((.((.((..(((.(((.....((((.......)))).)))))).)).)))))))))))))))))..((((((..(((((((.(((((((((((.(((((...(.(((((.(((((..((((((((.(((((.(((....)))))))).)))))).)).)))))..(((((...((((((....))))))(((..(((((((.(..((((((..((((.((.(((....))).))..))))..)).).)))..))))))))..))).....................(((((((.(((.(((...((.((((((((((((.(((((....((((......((((((((.....(((((.(..(.((.((((((.(((((((((((....))))))).)))).)))))))).)..).)))))........((((.....)))).(((.(((((..(((........))).....))))).)))((((..((.((.....)).))....))))))))))))....))))...)))))...............((((((((((((((((......))))))))......)))))))).....(((((((((.....))))))))).))))).))))))).)).)))))).))))))))))))....(((((..........))))))))))).))).)).))))).)))).)))))))))..))))))..((((((((.......))))))))...............))))))).).))))).......(((.(((((...((((.(.(((((..((((((...((...(((((((((...)))))))))..(((((.......)))))......)))))))).))))).).)))).....((.((.((.(((((.((((((((..(((...))).))))))))))))).)).)).))....))))).))).....)))))))..)))))).)))))))))).)).............)))..))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.{(((.(.(((((((((.((((((((,,((((.(.(((.((((.((((......)))).)))).))).).)))).))}(((((((..(((((((.(((({{.(((((((((((.........))))))).)))).(((((((......))))))).})))).)))))))))))))){{{,,....,}.}||}{{|{{{(({{{|,{|||,{.|||||||{{,(({.{{{(,({,(({.{{||,.|||.{||,,,,,))))))}))).)})})),)))).)))..))))).).)))).)))),,)))}.))....((((((..(((,,({.(({{{{||{{|{|...,.{,{((,,..||.,,,),...)))))})||((.((({{(,,(((((((,{,((((({((((.{((((.(((((.((({....))))....{({((((((((.((((.(((..(((((({(({,,(({{(,,.(((((((({.{||(((.{|||((((||((..(((((,,...,(((((...,({((((({,,({.....,|.)))}}}}.(({(,(({{((((..{{{(,(((((((,(((((({{((({,.{((,{{(,(((({.(((((((({{(,.(((,.((((((((.{{{,.{((({,.{,,,.||||||||((((((((((((((((((..(((.(((((,.((((......(((...)))......))))))))).)))))))).)))))))))))))}}|||||(((((((((({{{||{|..||||..{{||||||.||}.|||,.{,||||..,|||}|..|||}{,,|}|.}}|||}}||}}.}}})))).)))),,.)))).)))).))))})))},||{|||||}.||||,||.,,,}))})}{||||,(((((.{((({{{{|,,.{{|||{{{|}||||||||||||,|{|,...{||||...|||||||}|{||||,{((,{({{{.(((((....((({{.,....,,,...{{|||||...,|.|||{||{..,||}||,|||,..}))),)))},.,,,)))}.,)}},))))),}}}.,.((((((((((((.((((((...............))}}))))))))),)})))))...{{{,.,,}))).|.(((((((((((((((((...,...,,..)))))).)))).....))))))),.,,..((((.((((.((.......)).)))).)))){{|||{|,((,.((((,,(,.....,}....}}}|,|||,||}|,||},,.)))).)))}}}},,))))))),})))}}.))}|}.{{||,.}}},}|||}}}|}|||||,..}}.}))))))))))),),,)}}}...}},.,})}}))),))))),))}))))))))))))((.((((((((((.(......})))))).)))).)).(((({{{{{{,,||{(((((((((((.((((((.((((((({{...{{{...,}}.}|{.((((..(((((((((((((((.((.,....}.)).))))))))))))))))))).}}((((((.((((((((({,(,,{(((.((..((((....)))).)).))).))))}.....})))......))).)))))),))))))).)))))))))))))))),{||,|||||{{..({,{.((((((({(((((((..((...(((((.(((((((.,{{{((({...|,,..,}}}(((((((((....))))))))){(((.,,})}}...(((({,(((({({(((..((((.((({,.{{(((((((((((.....((((((........))).).))...)).)))))))))))))).))))...))))))))).).))))..}}}}((((..((((((.((..(((...)))..)).))..))))..)))))))))))..)))))..)),.}},||||||}..(((((((.(((.((((((.((((..(((.(((((((....{((((((.((((,.((((.(((((((.((((.,,{.{{{{(((,((....,{{.....},),.))))))}.....),)))).))).)))).))))|(((........))))))))..))))))).)))).))).)))..)))))))))).)))...,,.{.{((,..,)))....{{{(.,......}})),{{||,.....)))).)))))))...}||||||...{{((.{,,...{,,,||{.{{,,,{{{..,.,}},}||,{|,.||},.}}..).)))}}}))))..,)))))).|,|||{...,)))},))))))),.,.})..)))))))}}))))}.)))))),)))).(((((.((.((((((.({...}).)))))))))))))})).)))))))))..,,,)))))))}.,,.{{{...,,))))),,))))..))).)))).)))))))))}.(((......))).))))})))).))))|((((.{.(((((((((((.(((((((((({{((.((..(((.(((.....((((.......)))).)))))).)).)))))))))))))))))..((((((..(((((((.(((((((((((.(((((...{.(((((.(((((..({((((((.(((({,(((....)))))))).)))))).)).)))))..(((((...((((({....})))))(((..(((((((.(..((((((..((((.((.(((....))).))..))))..)).).)))..))))))))..))).....................(((((((.(((.(((...((.((((((((((((.{{|{{{{{.,((({,..,.((((((((.....(((((,(,,{.((.((((((.(((((((((((....))))))).)))).))))))|)||..|.|}}},..,..,,,|{((.....}}},.{{{,(((((..{,({({.{{{{|||....,))}))}),))}}.})))))|.,{{{,,..,..}})),.)))))))).....,)).,}),}).}}},,,..,.,,...((((((((((((((((......))))))))......))))))))...|,(((((((((.....))))))))).))))).))))))).)).)))))).))))))))))))...,|||||,....,,...))))})))))}.))).)).))))),}))).)))))))))..)))))|{,((((((((,....}.)))))))}...|,,,...}.,..))))))).}.)))),......,|||,|{{{(,..((((.(.(((((..((((((...{(...(((((((((...))))))))),.(((((.......)))))......)))))))),)}))).).)))).....{{.{{.((.(((((.((((((((..(({...})).))))))))))))).)).)}.||.,..}||||,|}},....))})))),,)))))).)))))))))),}}.,,.,,.......)))..))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001025242.2 NCBI
GAGUCAGUGUCCGCGGACCCGGCCGGCCCAGGCCCGCGCCCGCCGCGGC… 3491 nt 0.6247
NM_001025243.2 NCBI
GAGUCAGUGUCCGCGGACCCGGCCGGCCCAGGCCCGCGCCCGCCGCGGC… 3344 nt 0.6247
NM_001410701.1 NCBI
GAGUCAGUGUCCGCGGACCCGGCCGGCCCAGGCCCGCGCCCGCCGCGGC… 3569 nt 0.6301
NM_001569.4 NCBI
GAGUCAGUGUCCGCGGACCCGGCCGGCCCAGGCCCGCGCCCGCCGCGGC… 3581 nt 0.6266
Summary

This gene encodes the interleukin-1 receptor-associated kinase 1, one of two putative serine/threonine kinases that become associated with the interleukin-1 receptor (IL1R) upon stimulation. This gene is partially responsible for IL1-induced upregulation of the transcription factor NF-kappa B. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in porcine skin demonstrated that bromine exposure significantly increased IRAK1 gene expression at 24 hours post-exposure for both 45-second and 8-minute durations, identifying it as a component of the acute phase response and Toll-like receptor signaling pathways [Price et al. DOI:10.1016/j.toxlet.2008.08.007].