Basic Information

Symbol
ANKRD17
RNA class
mRNA
Alias
Ankyrin Repeat Domain 17 GTAR KIAA0697 NY-BR-16 MASK2 Serologically Defined Breast Cancer Antigen NY-BR-16 Ankyrin Repeat Domain-Containing Protein 17 Gene Trap Ankyrin Repeat Protein FLJ22206 CAGS
Location (GRCh38)
4:73073376-73259147
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032217.5
Sequence length
10797.0 nt
GC content
0.4297

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3030.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3229.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2627.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001286771.3 NCBI
GCAGUAAGAAACAUGGCAGUUUGAUAAAACAUGGUGGAGACAGCGGCUG… 10358 nt 0.4154
NM_015574.2 NCBI
AGUAGAGGUGACCGAGGCGGUGGCGGCGGAGGCGGCACCGAUUGCUGUG… 10794 nt 0.4296
NM_032217.5 NCBI
AGUAGAGGUGACCGAGGCGGUGGCGGCGGAGGCGGCACCGAUUGCUGUG… 10797 nt 0.4297
NM_198889.3 NCBI
AGUAGAGGUGACCGAGGCGGUGGCGGCGGAGGCGGCACCGAUUGCUGUG… 10044 nt 0.4258
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the family of ankyrin repeat-containing proteins, and contains two distinct arrays of ankyrin repeats in its amino-terminal region, one with 15 ankyrin repeats, and the other with 10 ankyrin repeats. It also contains a nuclear export signal, nuclear localization signal, and a cyclin-binding RXL motif. Localization of this protein to the nucleus has been shown experimentally, and interactions between this protein and cyclin-dependent kinase 2 have been observed. It has been suggested that this protein plays a role in both DNA replication and in both anti-viral and anti-bacterial innate immune pathways. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2015]

Forensic Context

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