Basic Information

Symbol
IRF1
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Regulatory Factor 1 MAR IRF-1 Interferon Regulatory Factor-1 IMD117
Location (GRCh38)
5:132440440-132508719
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis Sudden death from respiratory system disease
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002198.3
Sequence length
3554.0 nt
GC content
0.5304

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1345.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1404.83 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 789.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001354924.1 NCBI
AGAGCUCGCCACUCCUUAGUCGAGGCAAGACGUGCGCCCGAGCCCCGCC… 3431 nt 0.5284
NM_001354925.1 NCBI
AGAGCUCGCCACUCCUUAGUCGAGGCAAGACGUGCGCCCGAGCCCCGCC… 3368 nt 0.5309
NM_002198.3 NCBI
AGAGCUCGCCACUCCUUAGUCGAGGCAAGACGUGCGCCCGAGCCCCGCC… 3554 nt 0.5304
Summary

The protein encoded by this gene is a transcriptional regulator and tumor suppressor, serving as an activator of genes involved in both innate and acquired immune responses. The encoded protein activates the transcription of genes involved in the body's response to viruses and bacteria, playing a role in cell proliferation, apoptosis, the immune response, and DNA damage response. This protein represses the transcription of several other genes. As a tumor suppressor, it both suppresses tumor cell growth and stimulates an immune response against tumor cells. Defects in this gene have been associated with gastric cancer, myelogenous leukemia, and lung cancer. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

A single-cell transcriptomic analysis in a rat model of radiation-induced lung injury identified the IRF1 as an orthologous rat gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A study in humans identified the IRF1 as a key hub protein from a protein-protein interaction network, where it has a unique function in controlling stress-induced cardiomyopathy and regulates genes associated with fibrosis and inflammation [Rahman et al. DOI:10.1038/s41598-024-78011-3].