Basic Information

Symbol
IRF3
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Regulatory Factor 3 IIAE7 IRF-3
Location (GRCh38)
19:49659569-49665861
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001571.6
Sequence length
1595.0 nt
GC content
0.6132

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-696.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -722.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 321.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001197122.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1611 nt 0.6151
NM_001197123.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1653 nt 0.6207
NM_001197124.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1214 nt 0.5997
NM_001197125.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1422 nt 0.6090
NM_001197126.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1250 nt 0.6152
NM_001197127.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1041 nt 0.5917
NM_001197128.2 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 869 nt 0.5972
NM_001571.6 NCBI
AUAGGGGCGGGAACAGCCCAGCGGGCCGUCCCAUCGGCUUUUGGGUCUG… 1595 nt 0.6132
Summary

This gene encodes a member of the interferon regulatory transcription factor (IRF) family. The encoded protein is found in an inactive cytoplasmic form that upon serine/threonine phosphorylation forms a complex with CREBBP. This complex translocates to the nucleus and activates the transcription of interferons alpha and beta, as well as other interferon-induced genes. The protein plays an important role in the innate immune response against DNA and RNA viruses. Mutations in this gene are associated with Encephalopathy, acute, infection-induced, herpes-specific, 7. [provided by RefSeq, Sep 2020]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that myocardial infarction activates the cytosolic DNA-sensing cGAS-STING-IRF3 pathway in cardiac macrophages, leading to a detrimental type I interferon response [King et al. DOI:10.1038/nm.4428].