Basic Information

Symbol
IRF5
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Regulatory Factor 5 IRF-5 SLEB10
Location (GRCh38)
7:128933429-128950038
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001098629.3
Sequence length
2899.0 nt
GC content
0.5785

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1169.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1218.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 649.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001098627.4 NCBI
GCAGAAAGCGGAACUGAGCCCGCGUGUUCUGAGGCCAGGGCAGGGCUGG… 2934 nt 0.5774
NM_001098629.3 NCBI
AAGACGCGGAAGUGCCCGGCAGGUUGGCGGACCGGCGGGAGGCGCAGCC… 2899 nt 0.5785
NM_001098630.3 NCBI
AAGACGCGGAAGUGCCCGGCAGGUUGGCGGACCGGCGGGAGGCGCAGCC… 2851 nt 0.5798
NM_001242452.3 NCBI
AAGACGCGGAAGUGCCCGGCAGGUUGGCGGACCGGCGGGAGGCGCAGCC… 2593 nt 0.5677
NM_001347928.2 NCBI
CUCAGUGAUAGGCUUUCUGUGCGGUGAGCAGCCAGACCUGGACCAAACC… 3010 nt 0.5631
NM_001364314.2 NCBI
GUUUCCUGUAGCCUUCCUAACAGGCUCCGGCAGGCGUUAGGGCCUUCCU… 2933 nt 0.5697
NM_032643.5 NCBI
GUCCAGCUGCGCCUGGAAAGCGAGCUCGGACCCCUCUGCCAUGAACCAG… 2757 nt 0.5731
Summary

This gene encodes a member of the interferon regulatory factor (IRF) family, a group of transcription factors with diverse roles, including virus-mediated activation of interferon, and modulation of cell growth, differentiation, apoptosis, and immune system activity. Members of the IRF family are characterized by a conserved N-terminal DNA-binding domain containing tryptophan (W) repeats. Alternative promoter use and alternative splicing result in multiple transcript variants, and a 30-nt indel polymorphism (SNP rs60344245) can result in loss of a 10-aa segment. [provided by RefSeq, Dec 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the IRF5 was upregulated in meningeal macrophages one week after traumatic brain injury (TBI) in young animals and was also found to be upregulated in the meninges of aged mice [Bolte et al. DOI:10.7554/eLife.81154].