Basic Information

Symbol
IRF7
RNA class
mRNA
Alias
Interferon Regulatory Factor 7 IRF-7 Interferon Regulatory Factor-7H IRF-7H IMD39 IRF7A IRF7B IRF7C IRF7H
Location (GRCh38)
11:612551-615983
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Sudden death from CNS diseases Sudden death from respiratory system disease Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001572.5
Sequence length
1923.0 nt
GC content
0.6656

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-903.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -931.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 576.41
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((((........)))).)(((((((.((((......(((((((((((.((((((.((((((...(((((....)))))((((((((((((.((.(((((.((....))))))).)).))))))..((((((((((((((.(((((.((.((((.((((((((((((.((.((((....((((((.((((((....))))))..........((((((((((.....)))))))).))..(((((((((.((.((((((.............)))))).)).))...)).))))).....((((....)))).((((((..........))))))..)))))))))))))))).))))..))))...)))).)))))))))))...(((((...)))))....)))))))))).((((((.((..(((((((..((((((((.......))))))))....((((((..((.(((.....)))))...))))))....((..(((((((((....)))).(((..(((((((((((..(.....)..)))))).)))))..))))))))..)).))))).)).))))))))((((.......))))(((((((...)))))))..(((((((...)))))))((((((.....(((((...)))))....))))))..)))))).(((((((......)))).))))))))).)))))).))))).))))))((((((((((((((((....((.(((((((((((.......))))))...((((((........(((((((...(((((((.......((..(((((((..(((((((((((.....(((((.((.(((....))).)).((((((((........))))))))(((((...))))).......)))))..))))))).((..(((((..(((.......)))...)))))..)).((((((((((((((.(((.(((..(((.(((((((((((((((((...))))))).....((((((...............((((((.((((((((((((((((((((.....((((((.(.(((....(((...(.((......))).)))...))).).))))))..(((((...(((((((((..(..(((.(..((((.(.((((..(((((((((((((((...))))))....((((((...((.(((((((..((((......))))....))))).)).))....)))))).......))))).))))))))............(((((..((........))))))).).))))..).))).)..))))..)))))....)))))...))))))))...((((((((((((((.(....).))).))))))))))).)))).)))))))).)).))))..((((((...))))))(((.(((.((((((((....)).)))))).))))))))))))..(((((((.(.((((.((((...((..((((....((((.((....(((....))))).))))...))))..)))))))))))))))).))(((((....)))))............)))))))))).)))))).))))))))..)))))))))..))))..).))))))..))(((..((((((....))))))..)))..((((.((....)))))).)))))))...)))))))..))))))...))))).))....)))))))))).((((((.(((..((((((.(((....))).))).)))......))).))))))((.....))........))))))........((((((....))))))((((.(.....).)))))))).)))))))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(.((((........)))).}(((((((.((((..((((.((((((((((.((......)))))))).)))).)))).........(((((((.((.(((((.((....))))))).)).))))))).((((((((((((((.(((((.((.((((.((((((((((((.((.((((....((((((.((((((....))))))..........{{{(((((((.....)))))))}.||..{((((((,{.{{.((((((,{...........}})))).,..))...)),,)))}.....((((....)))).((((((.,......,.))))))..)))))))))))))))).))))..))))...)))).))))))))))).,,(((((...)))))....)))))))))).((((((.,.((((..({..{(({{{(,(({{,{{..((((((((({.((((((..((.(((.....)))))...)))))).,{.{{{.{(,,,(((((((((({{(.((((({{((({{(,{.,{,||.((((.((((,..})))}})){,{||||,{.(((((.((.((({{(((.((((.......))))))))))).)).)))))|..(((((((...)))))))||{(((.,..,(((((,,.|||||,..,}}}}}},.{{||||{{}{|{,{{||||||..((((((((((......)))..))))))).|{,,.{{{,((({{,{||},||{{{{{((((((((((({.(((((.,(((((...|||}}..|}|}|{{{........,|||||{.{{...{||{{{(((({{((|||,((,...}}.)),},..}))))).))).{|||,,((((((((........)))))))))|||.{{{|,|||{..,|||},,}|}||||}|.},}}}}||,,,..,,.,(((,(.{((.({((((({.{.{.(((((..((((.({(((((({(.(((((.((((({{((((((({...)))))))}.,..(((((((..({....})..}})}}|}))),)))))))))){{(((((.((..(....,}..)))))))))}},))).||,,}.}...))))..))))).}.}.)))}.})))),}}}.|{||||((,,,{{|||}|..|,|||({((((.,,||{}||||((((((...))))))....),)))|)..)),))|||,,..}|}|}}}}}})},,...|)))),,||.|,...,}}}})}}}}||.,,}}})})}}}||}}},}}}...},},|{((({.((,,,,..,,|||}}}|{,{||||{{|{|{{{{.,||||{{}|||,...,},})}..}})))}||||..((((((((((((((.(....).))),,)))))))))).))))}|||(((({{{{.}|||{.{({((,.,,||}}}}{((,(({.(((((({(,...)).)))))).})))))})}})}..}}|||||}{,((((.((((...{(..((((..,.((((.((,,..(({.,,.|}}}}.)))),..))))..)))))))))}|}))})})))),)))}}}})},|||......{{{.{{((((((((.(((.,{,....)).))).}))))))),.))))).}}}}))))))).)),),})))))...}}}))))).),.),)))))))).{{{||(((({..{....),)))))))))).((({{{{{{{|,,|{,,,,)),,))))))))))}).}}}..}}))))},.}}}.},....))))))))))....}).))|)))))))}..)))).}...)))))).........((((((....))))))((((.{.....).)))))))).))))))).,,{{{.......}},.,,........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001572.5 NCBI
GAGACGAAACUUCCCGUCCCGGCGGCUCUGGCACCCAGGGUCCGGCCUG… 1923 nt 0.6656
NM_004029.4 NCBI
GAGACGAAACUUCCCGUCCCGGCGGCUCUGGCACCCAGGGUCCGGCCUG… 1836 nt 0.6623
NM_004031.4 NCBI
GAGACGAAACUUCCCGUCCCGGCGGCUCUGGCACCCAGGGUCCGGCCUG… 2008 nt 0.6693
Summary

This gene encodes interferon regulatory factor 7, a member of the interferon regulatory transcription factor (IRF) family. It has been shown to play a role in the transcriptional activation of virus-inducible cellular genes, including interferon beta chain genes. Inducible expression of IRF7 is largely restricted to lymphoid tissue. The encoded protein plays an important role in the innate immune response against DNA and RNA viruses. [provided by RefSeq, Jul 2021]

Forensic Context

A study in humans identified the IRF7 as a key hub protein from a protein-protein interaction network, demonstrating a unique function in controlling stress-induced cardiomyopathy and controlling type I interferon responses that worsen chronic inflammation in the heart [Rahman et al. DOI:10.1038/s41598-024-78011-3]. In a rat model of radiation-induced lung injury, the IRF7 was identified as an orthologous gene associated with inflammatory processes [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357]. A study in rats demonstrated that the IRF7 is upregulated in the cerebral cortex at 6 and 12 hours following traumatic brain injury, with its expression profile suggesting a role in the inflammatory response that precedes and mediates subsequent apoptotic cell death [Shojo et al. DOI:10.1016/j.neuroscience.2010.10.018].