Basic Information

Symbol
ABCG1
RNA class
mRNA
Alias
ATP Binding Cassette Subfamily G Member 1 ABC8 ATP-Binding Cassette Transporter 8 ATP-Binding Cassette, Sub-Family G (WHITE), Member 1 ATP-Binding Cassette Sub-Family G Member 1 White Protein Homolog (ATP-Binding Cassette Transporter 8) ATP-Binding Cassette Transporter Member 1 Of Subfamily G Homolog Of Drosophila White White Protein Homolog ABC Transporter 8 EC 7.6.2.- WHITE1 WHT1
Location (GRCh38)
21:42199689-42304389
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016818.3
Sequence length
2976.0 nt
GC content
0.5494

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1130.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1180.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 657.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004915.4 NCBI
GGAGCCCAAGCGCAGCCCGCACCCCGCGCAGCGGCUGAGCCGGGAGCCA… 3012 nt 0.5475
NM_016818.3 NCBI
GGAGCCCAAGCGCAGCCCGCACCCCGCGCAGCGGCUGAGCCGGGAGCCA… 2976 nt 0.5494
NM_207174.1 NCBI
GCGAGGGGCAAGCCCGGAUUCCUGCCGGCCGCCUUUCUGCGCGCGCCGG… 2983 nt 0.5374
NM_207627.2 NCBI
AGACACUGAAUCAUCAUUUGUAGUUUGGGGGGCUUUACAUGCCUGCAGU… 3119 nt 0.5293
NM_207628.1 NCBI
ACUUCAGAGGGCAGCAGCUGGACUACCUAUGUUUGUGGCGCUACACCAA… 3060 nt 0.5294
NM_207629.2 NCBI
GCUUUAUAAAGGGGAGUUUCCCUGCACAAGCUCUCUCUCUUGUCUGCCG… 2923 nt 0.5344
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the superfamily of ATP-binding cassette (ABC) transporters. ABC proteins transport various molecules across extra- and intra-cellular membranes. ABC genes are divided into seven distinct subfamilies (ABC1, MDR/TAP, MRP, ALD, OABP, GCN20, White). This protein is a member of the White subfamily. It is involved in macrophage cholesterol and phospholipids transport, and may regulate cellular lipid homeostasis in other cell types. Six alternative splice variants have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that plasma exosomal microRNA-4516, microRNA-203, and secretory frizzled-related protein 1 (SFRP1) levels were significantly elevated in patients with acute myocardial infarction (AMI) compared to healthy controls and exhibited high diagnostic efficiency for AMI, with area under the curve (AUC) values of 0.9809, 0.6823, and 0.9603, respectively [Liu et al. DOI:10.3892/mmr.2023.13010].