Basic Information
Symbol
IRGM
RNA class
mRNA
Alias
Immunity Related GTPase M
LRG-47
LRG47
IFI1
IRGM1
LPS-Stimulated RAW 264.7 Macrophage Protein 47 Homolog
Immunity-Related GTPase Family M Protein
Immunity-Related GTPase Family, M1
Interferon-Inducible Protein 1
Immunity-Related GTPase Family M Protein 1
LRG-47-Like Protein
EC 3.6.5.-
IBD19
Location (GRCh38)
5:150846521-150900736
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_001145805.2
Sequence length
1694.0 nt
GC content
0.4970
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-535.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-563.59 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
386.34
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GGUAACCUGCUCAGGUCCCCUUCCAUGCUGUGGAAGCUUUGUUUUUUUG… | 1694 nt | 0.4970 |
Summary
This gene encodes a member of the p47 immunity-related GTPase family. The encoded protein may play a role in the innate immune response by regulating autophagy formation in response to intracellular pathogens. Polymorphisms that affect the normal expression of this gene are associated with a susceptibility to Crohn's disease and tuberculosis. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2016]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the IRGM was upregulated within a specific injury hotspot at 7 days post-traumatic brain injury, identified as a marker for disease-associated microglia [Kounelis-Wuillaume et al. DOI:10.1177/08977151251390528].