Basic Information

Symbol
IRX4
RNA class
mRNA
Alias
Iroquois Homeobox 4 Iroquois Homeobox Protein 4 Iroquois-Class Homeodomain Protein IRX-4 Homeodomain Protein IRXA3 IRXA3
Location (GRCh38)
5:1877413-1887381
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016358.3
Sequence length
2394.0 nt
GC content
0.6642

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1091.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1126.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001278632.1 NCBI
AGGUGCUCCGCCUGGAAAUGUCUCCAUUAGUUGUCGCCGGCUCCCCGCU… 2328 nt 0.6735
NM_001278633.1 NCBI
AGGUGCUCCGCCUGGAAAUGUCUCCAUUAGUUGUCGCCGGCUCCCCGCU… 2406 nt 0.6708
NM_001278634.2 NCBI
GACUCCCCGGUGCGUCCCGGGCUGCGAGCUGCUCCCCGCGGCCCCGGCA… 2300 nt 0.6739
NM_001278635.2 NCBI
GACUCCCCGGUGCGUCCCGGGCUGCGAGCUGCUCCCCGCGGCCCCGGCA… 2378 nt 0.6712
NM_016358.3 NCBI
GUAAAAUAUGUAUUUCUGUCGCCGCUGCGAGGCCGCUCGGUCCCAGAGC… 2394 nt 0.6642
Summary

Predicted to enable DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding activity. Predicted to be involved in cell development; neuron differentiation; and regulation of DNA-templated transcription. Predicted to act upstream of or within heart development. Predicted to be located in chromatin. Predicted to be active in nucleus. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

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