Basic Information

Symbol
IRX5
RNA class
mRNA
Alias
Iroquois Homeobox 5 IRX-2a Iroquois-Class Homeodomain Protein IRX-5 Homeodomain Protein IRX-2A Homeodomain Protein IRXB2 IRXB2 Iroquois Homeobox Protein 5 IRX2A HMMS
Location (GRCh38)
16:54930865-54934485
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005853.6
Sequence length
2398.0 nt
GC content
0.5897

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-970.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1008.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001252197.1 NCBI
AUGUCCUAUCCGCAGGGCUACUUGUACCAGCCGUCCGCCUCGCUGGCGC… 2075 nt 0.5605
NM_005853.6 NCBI
AGCAUCUUGGCAGGACCUUUGCAAAGGCAAAAGCAGAGCCCCCCGGUGC… 2398 nt 0.5897
Summary

This gene encodes a member of the iroquois homeobox gene family, which are involved in several embryonic developmental processes. Knockout mice lacking this gene show that it is required for retinal cone bipolar cell differentiation, and that it negatively regulates potassium channel gene expression in the heart to ensure coordinated cardiac repolarization. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2011]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the mRNA for the IRX5 was significantly down-regulated in heart tissue following severe hemorrhagic shock and resuscitation, with a log2 ratio of -5.15514016, indicating its involvement in the myocardial ischemia-reperfusion injury response [Lin et al. DOI:10.1186/s12867-018-0113-8].