Basic Information

Symbol
ITGA4
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Alpha 4 CD49d Alpha 4 Subunit Of VLA-4 Receptor CD49 Antigen-Like Family Member D VLA-4 Subunit Alpha Integrin Alpha-IV Integrin Alpha-4 Integrin, Alpha 4 (Antigen CD49D, Alpha 4 Subunit Of VLA-4 Receptor) Very Late Activation Protein 4 Receptor, Alpha 4 Subunit Antigen CD49D, Alpha-4 Subunit Of VLA-4 Receptor 269C Wild Type Antigen CD49D CD49d Antigen CD49D IA4
Location (GRCh38)
2:181457202-181538940
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000885.6
Sequence length
6781.0 nt
GC content
0.3901

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1780.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1917.12 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2008.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000885.6 NCBI
GAAGCAGCGCGAGCACCCGAAGCUCCCGGCUGGCGGCAGAAACCGGGAG… 6781 nt 0.3901
NM_001316312.2 NCBI
CCGCUCUUGCUGAGCCCAGAGCCAUCCCGCGCUCUGCGGGCUGGGAGGC… 1407 nt 0.5565
Summary

The gene encodes a member of the integrin alpha chain family of proteins. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha chain and a beta chain that function in cell surface adhesion and signaling. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate light and heavy chains that comprise the alpha 4 subunit. This subunit associates with a beta 1 or beta 7 subunit to form an integrin that may play a role in cell motility and migration. This integrin is a therapeutic target for the treatment of multiple sclerosis, Crohn's disease and inflammatory bowel disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in human skin tissue demonstrated that burn injury is associated with a significant shift in T cell phenotype, with higher expression of the ITGA4 integrin observed in both CD4+ and CD8+ T cells from burn tissue compared to non-burn tissue [Labuz et al. DOI:10.7554/eLife.82626].