Basic Information

Symbol
ITGA5
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Alpha 5 CD49e FNRA Integrin, Alpha 5 (Fibronectin Receptor, Alpha Polypeptide) Fibronectin Receptor, Alpha Polypeptide Fibronectin Receptor Subunit Alpha CD49 Antigen-Like Family Member E Integrin Alpha-5 Integrin Alpha-F VLA-5 Very Late Activation Protein 5, Alpha Subunit Fibronectin Receptor, Alpha Subunit ITGA5/SLC9B1 Fusion CD49e Antigen VLA5A
Location (GRCh38)
12:54395261-54419266
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002205.5
Sequence length
4250.0 nt
GC content
0.5805

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1709.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1782.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1206.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_002205.5 NCBI
AUUCGCCUCUGGGAGGUUUAGGAAGCGGCUCCGGGUCGGUGGCCCCAGG… 4250 nt 0.5805
Summary

The product of this gene belongs to the integrin alpha chain family. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha subunit and a beta subunit that function in cell surface adhesion and signaling. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate light and heavy chains that comprise the alpha 5 subunit. This subunit associates with the beta 1 subunit to form a fibronectin receptor. This integrin may promote tumor invasion, and higher expression of this gene may be correlated with shorter survival time in lung cancer patients. Note that the integrin alpha 5 and integrin alpha V subunits are encoded by distinct genes. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that blast-induced traumatic brain injury upregulates the ITGA5 mRNA, a marker of the integrin pathway, with expression increasing in relation to both blast intensity and time after the blast exposure [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].