Basic Information

Symbol
ITGA6
RNA class
mRNA
Alias
Integrin Subunit Alpha 6 VLA-6 ITGA6A ITGA6B CD49f CD49 Antigen-Like Family Member F Very Late Activation Protein 6 Integrin, Alpha 6 Integrin Alpha-6 Integrin Alpha6B CD49f Antigen JEB6
Location (GRCh38)
2:172234216-172506459
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000210.4
Sequence length
5816.0 nt
GC content
0.4247

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1678.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1799.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1586.50
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000210.4 NCBI
AACGGGCUCAUUCAGCGGUCGCGAGCUGCCCGCGAGGGGGAGCGGCCGG… 5816 nt 0.4247
NM_001079818.3 NCBI
AACGGGCUCAUUCAGCGGUCGCGAGCUGCCCGCGAGGGGGAGCGGCCGG… 5686 nt 0.4258
NM_001316306.2 NCBI
GUGCUACUCGGCAACCACAAUUCUGUCCACAGAGGGCGGCGCAGUGGGG… 5551 nt 0.4124
NM_001365529.2 NCBI
AACGGGCUCAUUCAGCGGUCGCGAGCUGCCCGCGAGGGGGAGCGGCCGG… 5641 nt 0.4256
NM_001365530.2 NCBI
AACGGGCUCAUUCAGCGGUCGCGAGCUGCCCGCGAGGGGGAGCGGCCGG… 5771 nt 0.4245
NM_001394928.1 NCBI
AACGGGCUCAUUCAGCGGUCGCGAGCUGCCCGCGAGGGGGAGCGGCCGG… 5803 nt 0.4268
Summary

The gene encodes a member of the integrin alpha chain family of proteins. Integrins are heterodimeric integral membrane proteins composed of an alpha chain and a beta chain that function in cell surface adhesion and signaling. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate light and heavy chains that comprise the alpha 6 subunit. This subunit may associate with a beta 1 or beta 4 subunit to form an integrin that interacts with extracellular matrix proteins including members of the laminin family. The alpha 6 beta 4 integrin may promote tumorigenesis, while the alpha 6 beta 1 integrin may negatively regulate erbB2/HER2 signaling. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the ITGA6 transcript, a cell adhesion receptor gene, increased in abundance postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267]. A study in mice demonstrated that the ITGA6 transcript, encoding a cell adhesion receptor, was upregulated 13.4-fold in the injured ipsilateral neocortex three days after a closed head weight-drop injury [Israelsson et al. DOI:10.1089/neu.2008.0676].